Individual analysis results

Parameters	Input values
Folder name :	Example data
Sequence name :	CDH1
Group :	Low methylated DNA
Experiment type :	Direct-BSP
Replicate number :	1
Date of sequencing #1 :	2022-05-02
Date of sequencing #2 :	2022-05-02
Date of analysis :	2022-06-04 11:19
Prefix of output files :	CDH1_Low methylated DNA_1

Reference DNA

Reference DNA sequence

Reference DNA sequence information	Input values
Name	CDH1
Strand used for primer design	Plus strand
Length	341 pb
Coordinates on reference genome	chr16:68770940-68771280

Genomic DNA Sequence from plus strand (template strand):

## CCACCGGCGGGGCTGGGATTCGAACCCAGTGGAATCAGAACCGTGCAGGTCCCATAACCCACCTAGACCCTAGCAACTCCAGGCTAGAGGGTCACCGCGTCTATGCGAGGCCGGGTGGGCGGGCCGTCAGCTCCGCCCTGGGGAGGGGTCCGCGCTGCTGATTGGCTGTGGCCGGCAGGTGAACCCTCAGCCAATCAGCGGTACGGGGGGCGGTGCCTCCGGGGCTCACCTGGCTGCAGCCACGCACCCCCTCTCAGTGGCGTCGGAACTGCAAAGCACCTGTGAGCTTGCGGAAGTCAGTTCAGACTCCAGCCCGCTCCAGCCCGGCCCGACCCGACCGC

Genomic DNA Sequence from minus strand (not used):

## GCGGTCGGGTCGGGCCGGGCTGGAGCGGGCTGGAGTCTGAACTGACTTCCGCAAGCTCACAGGTGCTTTGCAGTTCCGACGCCACTGAGAGGGGGTGCGTGGCTGCAGCCAGGTGAGCCCCGGAGGCACCGCCCCCCGTACCGCTGATTGGCTGAGGGTTCACCTGCCGGCCACAGCCAATCAGCAGCGCGGACCCCTCCCCAGGGCGGAGCTGACGGCCCGCCCACCCGGCCTCGCATAGACGCGGTGACCCTCTAGCCTGGAGTTGCTAGGGTCTAGGTGGGTTATGGGACCTGCACGGTTCTGATTCCACTGGGTTCGAATCCCAGCCCCGCCGGTGG

Localization of CG dinucleotides

CG positions on plus strand

CG number	chr	start	end	C position	G position
1	chr16	68770944	68770945	5	6
2	chr16	68770947	68770948	8	9
3	chr16	68770960	68770961	21	22
4	chr16	68770981	68770982	42	43
5	chr16	68771035	68771036	96	97
6	chr16	68771037	68771038	98	99
7	chr16	68771045	68771046	106	107
8	chr16	68771051	68771052	112	113
9	chr16	68771059	68771060	120	121
10	chr16	68771064	68771065	125	126
11	chr16	68771073	68771074	134	135
12	chr16	68771090	68771091	151	152
13	chr16	68771092	68771093	153	154
14	chr16	68771112	68771113	173	174
15	chr16	68771138	68771139	199	200
16	chr16	68771143	68771144	204	205
17	chr16	68771150	68771151	211	212
18	chr16	68771159	68771160	220	221
19	chr16	68771182	68771183	243	244
20	chr16	68771200	68771201	261	262
21	chr16	68771203	68771204	264	265
22	chr16	68771230	68771231	291	292
23	chr16	68771254	68771255	315	316
24	chr16	68771264	68771265	325	326
25	chr16	68771269	68771270	330	331
26	chr16	68771274	68771275	335	336
27	chr16	68771278	68771279	339	340

CG positions on minus strand

CG number	chr	start	end	C position	G position
27	chr16	68771278	68771279	2	3
26	chr16	68771274	68771275	6	7
25	chr16	68771269	68771270	11	12
24	chr16	68771264	68771265	16	17
23	chr16	68771254	68771255	26	27
22	chr16	68771230	68771231	50	51
21	chr16	68771203	68771204	77	78
20	chr16	68771200	68771201	80	81
19	chr16	68771182	68771183	98	99
18	chr16	68771159	68771160	121	122
17	chr16	68771150	68771151	130	131
16	chr16	68771143	68771144	137	138
15	chr16	68771138	68771139	142	143
14	chr16	68771112	68771113	168	169
13	chr16	68771092	68771093	188	189
12	chr16	68771090	68771091	190	191
11	chr16	68771073	68771074	207	208
10	chr16	68771064	68771065	216	217
9	chr16	68771059	68771060	221	222
8	chr16	68771051	68771052	229	230
7	chr16	68771045	68771046	235	236
6	chr16	68771037	68771038	243	244
5	chr16	68771035	68771036	245	246
4	chr16	68770981	68770982	299	300
3	chr16	68770960	68770961	320	321
2	chr16	68770947	68770948	333	334
1	chr16	68770944	68770945	336	337

Bisulfite converted sequences

Converted sequence sense (template strand)

Bisulfite converted sequence of the plus strand as indicated as the template strand.

## TTATCGGCGGGGTTGGGATTCGAATTTAGTGGAATTAGAATCGTGTAGGTTTTATAATTTATTTAGATTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGGCGGTGTTTTCGGGGTTTATTTGGTTGTAGTTACGTATTTTTTTTTAGTGGCGTCGGAATTGTAAAGTATTTGTGAGTTTGCGGAAGTTAGTTTAGATTTTAGTTCGTTTTAGTTCGGTTCGATTCGATCGT

Converted sequence antisense (reverse complement)

Reverse complement of the bisulfite converted sequence from the plus strand.

## ACGATCGAATCGAACCGAACTAAAACGAACTAAAATCTAAACTAACTTCCGCAAACTCACAAATACTTTACAATTCCGACGCCACTAAAAAAAAATACGTAACTACAACCAAATAAACCCCGAAAACACCGCCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAAATCTAAATAAATTATAAAACCTACACGATTCTAATTCCACTAAATTCGAATCCCAACCCCGCCGATAA

Sequencing trimming

Summary

Thresholds	Values
Minimum length of the trimmed sequence :	30 bp
Minimum Phred quality score :	30
Minimum ratio of primary peak :	0.75
Minimum percentage of non-mixed positions :	75 %

Sequencing	Length	Start position	End position	Mean of Phred quality scores	Mean of primary peak ratio	Percentage of non-mixed positions	Trimmed sequence quality
#1	170	30	199	24.22	0.82	69.41	Incorrect
#2	203	7	209	44.82	0.94	92.12	Correct

Sequencing result #1

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 1073 bp

## TCCCCTTCAGGGGTAGTATTTGGTTAAGGGTTTTGAGTATTGTGCGTATTTGTGAGTTTCCTCGACTGTGCCTTCTAAGACGGGAGGTTGCCCATTGTTGGTTGATGTAGTGAACTGCGGGCGCTTGTTCAGCGTCGACCTTATCGTCATCATCAGGCCTTTGGGGGTCCGGAGACGCGTGTTTCAGTTTCTTTGTGTTGTTACGTCTCCCACATATAATCTACTCTGTTATGCATTCTGTCTGTTTTAGTTTCATTGTGTTGTTACGTATGGTTCGGGTACTTTTATGANCGAACTATCTTATAAATACGTATACCTAGACTTGTTTAACATTTATATATTTCCGTACAAGACGTTTTGTTAGGATATTGGATGCTCGAGCACGGGATTATCTCNTGANCTTGTCACAGCAGAATATGAGTACTATGCAAGTNGTCTTTATTTATTTACTACTTCANTTCATTTTCGATANCTTTGACAGCATTTAAGTGTTTTTCGCTGCCATACTACTACCTATGACGTCCGACATATCGTTGCAGTTCATCGCTCCGCCAATATCNGCTNTGTGTCCATGACCTCTCGATAATTATCGGTTTCATACCTTCGCTCGGAGCAGGTGGTGAGTATAAGATACGTGCTATCGTAACCGGGATGTAGCAGTGAAGATGTGTAGAATATGATCAAGTNGTATGGTAGCTATATTAGTGCGACTATTCAATAGGGTACGTCGGATCACGTTAGTTGAAAGGTGTCTACTGCCCTCAATACAGTCTGTTTTNACGGTAANTGTTGGTTTTTATTTCACTGGCTCCAGATGAGTGATCATTCGATACTCGCTGGGTAATTAAGGCACCTGAACGGTATATAGATCGTTTAGTGCCGGGGTTTTATGATTCCTAACGCGTGAATTTATGCCNATTGGACATGAGNAAATGCATNAGGCCTTACTACNCTGGGGTCCCTTTTTCATTATAANGCCCGGAATGAGCNTAAGTNGGGTCTAAGAATTATATTTCCTTTACTCCNNNTGTTAAACACCTNACCTTTTTTTCCTTCTTTAAANATATTCTTTA

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
1	0	622	0	0	622	0.00	1.00	0.00	0.00	T	13	1.00
2	0	0	0	4	4	0.00	0.00	0.00	1.00	C	6	1.00
3	0	0	0	36	36	0.00	0.00	0.00	1.00	C	14	1.00
4	11	0	0	33	44	0.25	0.00	0.00	0.75	C	11	0.75
5	0	0	0	46	46	0.00	0.00	0.00	1.00	C	19	1.00
6	0	122	0	10	132	0.00	0.92	0.00	0.08	T	14	0.92
7	0	241	0	10	251	0.00	0.96	0.00	0.04	T	13	0.96
8	0	0	0	78	78	0.00	0.00	0.00	1.00	C	9	1.00
9	172	0	0	0	172	1.00	0.00	0.00	0.00	A	13	1.00
10	0	0	2314	0	2314	0.00	0.00	1.00	0.00	G	13	1.00
11	0	0	3541	0	3541	0.00	0.00	1.00	0.00	G	13	1.00
12	0	0	2027	0	2027	0.00	0.00	1.00	0.00	G	13	1.00
13	0	0	1706	0	1706	0.00	0.00	1.00	0.00	G	14	1.00
14	0	233	0	0	233	0.00	1.00	0.00	0.00	T	3	1.00
15	1	0	0	0	1	1.00	0.00	0.00	0.00	A	7	1.00
16	0	0	4	0	4	0.00	0.00	1.00	0.00	G	6	1.00
17	0	32766	9208	0	41974	0.00	0.78	0.22	0.00	T	8	0.78
18	32766	32766	50	0	65582	0.50	0.50	0.00	0.00	A	8	0.50
19	0	32766	0	0	32766	0.00	1.00	0.00	0.00	T	15	1.00
20	136	32766	0	0	32902	0.00	1.00	0.00	0.00	T	20	1.00
21	21374	32766	28	0	54168	0.39	0.60	0.00	0.00	T	12	0.60
22	0	0	32766	0	32766	0.00	0.00	1.00	0.00	G	20	1.00
23	48	70	32766	0	32884	0.00	0.00	1.00	0.00	G	30	1.00
24	0	32766	0	0	32766	0.00	1.00	0.00	0.00	T	20	1.00
25	0	32766	0	0	32766	0.00	1.00	0.00	0.00	T	17	1.00
26	18545	0	8965	0	27510	0.67	0.00	0.33	0.00	A	10	0.67
27	18445	22	0	0	18467	1.00	0.00	0.00	0.00	A	10	1.00
28	0	0	32766	0	32766	0.00	0.00	1.00	0.00	G	25	1.00
29	54	0	32766	0	32820	0.00	0.00	1.00	0.00	G	25	1.00
30	0	17	23379	0	23396	0.00	0.00	1.00	0.00	G	36	1.00
31	11	13839	14	0	13864	0.00	1.00	0.00	0.00	T	20	1.00
32	8642	9827	0	0	18469	0.47	0.53	0.00	0.00	T	17	0.53
33	0	11418	13	0	11431	0.00	1.00	0.00	0.00	T	19	1.00
34	26	14249	0	0	14275	0.00	1.00	0.00	0.00	T	28	1.00
35	0	13	22661	0	22674	0.00	0.00	1.00	0.00	G	14	1.00
36	319	13	0	0	332	0.96	0.04	0.00	0.00	A	5	0.96
37	0	0	5996	0	5996	0.00	0.00	1.00	0.00	G	5	1.00
38	0	4	0	0	4	0.00	1.00	0.00	0.00	T	26	1.00
39	6605	0	5	0	6610	1.00	0.00	0.00	0.00	A	25	1.00
40	0	6596	0	0	6596	0.00	1.00	0.00	0.00	T	35	1.00
41	7	7367	8	0	7382	0.00	1.00	0.00	0.00	T	40	1.00
42	464	0	9806	0	10270	0.05	0.00	0.95	0.00	G	40	0.95
43	0	3261	0	0	3261	0.00	1.00	0.00	0.00	T	21	1.00
44	2645	5	2821	0	5471	0.48	0.00	0.52	0.00	G	10	0.52
45	0	0	0	228	228	0.00	0.00	0.00	1.00	C	10	1.00
46	0	7	5190	4	5201	0.00	0.00	1.00	0.00	G	21	1.00
47	0	1188	0	0	1188	0.00	1.00	0.00	0.00	T	19	1.00
48	2992	0	143	0	3135	0.95	0.00	0.05	0.00	A	20	0.95
49	0	1843	1064	0	2907	0.00	0.63	0.37	0.00	T	8	0.63
50	47	3353	7	0	3407	0.01	0.98	0.00	0.00	T	20	0.98
51	0	2611	0	0	2611	0.00	1.00	0.00	0.00	T	42	1.00
52	0	12	6569	0	6581	0.00	0.00	1.00	0.00	G	39	1.00
53	0	987	0	37	1024	0.00	0.96	0.00	0.04	T	38	0.96
54	0	4	4037	25	4066	0.00	0.00	0.99	0.01	G	28	0.99
55	1193	17	0	22	1232	0.97	0.01	0.00	0.02	A	26	0.97
56	0	6	2017	17	2040	0.00	0.00	0.99	0.01	G	26	0.99
57	1	1477	412	46	1936	0.00	0.76	0.21	0.02	T	39	0.76
58	0	1158	0	267	1425	0.00	0.81	0.00	0.19	T	42	0.81
59	0	1755	0	0	1755	0.00	1.00	0.00	0.00	T	40	1.00
60	0	3	403	2002	2408	0.00	0.00	0.17	0.83	C	28	0.83
61	0	2	359	1322	1683	0.00	0.00	0.21	0.79	C	29	0.79
62	0	1653	3	0	1656	0.00	1.00	0.00	0.00	T	41	1.00
63	0	0	2	3086	3088	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
64	0	112	999	0	1111	0.00	0.10	0.90	0.00	G	28	0.90
65	894	351	0	0	1245	0.72	0.28	0.00	0.00	A	24	0.72
66	3	873	0	1788	2664	0.00	0.33	0.00	0.67	C	14	0.67
67	0	2738	5	3	2746	0.00	1.00	0.00	0.00	T	36	1.00
68	0	9	3023	95	3127	0.00	0.00	0.97	0.03	G	41	0.97
69	0	1444	7	0	1451	0.00	1.00	0.00	0.00	T	36	1.00
70	0	2	2751	0	2753	0.00	0.00	1.00	0.00	G	36	1.00
71	0	0	8	1757	1765	0.00	0.00	0.00	1.00	C	40	1.00
72	0	3	0	3079	3082	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
73	1	1025	0	0	1026	0.00	1.00	0.00	0.00	T	45	1.00
74	0	1565	0	0	1565	0.00	1.00	0.00	0.00	T	45	1.00
75	0	7	58	2794	2859	0.00	0.00	0.02	0.98	C	41	0.98
76	0	900	0	0	900	0.00	1.00	0.00	0.00	T	36	1.00
77	4417	3	0	0	4420	1.00	0.00	0.00	0.00	A	36	1.00
78	3514	0	0	0	3514	1.00	0.00	0.00	0.00	A	31	1.00
79	0	0	548	0	548	0.00	0.00	1.00	0.00	G	21	1.00
80	2701	0	134	0	2835	0.95	0.00	0.05	0.00	A	20	0.95
81	0	0	0	618	618	0.00	0.00	0.00	1.00	C	3	1.00
82	0	0	53	0	53	0.00	0.00	1.00	0.00	G	3	1.00
83	327	0	521	0	848	0.39	0.00	0.61	0.00	G	6	0.61
84	126	0	761	0	887	0.14	0.00	0.86	0.00	G	11	0.86
85	708	0	181	0	889	0.80	0.00	0.20	0.00	A	17	0.80
86	15	251	448	0	714	0.02	0.35	0.63	0.00	G	8	0.63
87	6	467	511	0	984	0.01	0.47	0.52	0.00	G	8	0.52
88	5	634	226	0	865	0.01	0.73	0.26	0.00	T	12	0.73
89	0	1035	0	0	1035	0.00	1.00	0.00	0.00	T	16	1.00
90	0	171	505	0	676	0.00	0.25	0.75	0.00	G	9	0.75
91	0	3	2	2550	2555	0.00	0.00	0.00	1.00	C	17	1.00
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238	0	3	110	810	923	0.00	0.00	0.12	0.88	C	27	0.88
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241	83	919	0	2	1004	0.08	0.92	0.00	0.00	T	25	0.92
242	66	3	32	831	932	0.07	0.00	0.03	0.89	C	36	0.89
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245	153	735	0	6	894	0.17	0.82	0.00	0.01	T	21	0.82
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393	4	45	144	223	416	0.01	0.11	0.35	0.54	C	14	0.54
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396	56	110	70	215	451	0.12	0.24	0.16	0.48	N	30	0.48
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400	198	115	121	54	488	0.41	0.24	0.25	0.11	N	20	0.41
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548	82	276	11	0	369	0.22	0.75	0.03	0.00	T	20	0.75
549	0	0	89	179	268	0.00	0.00	0.33	0.67	C	19	0.67
550	43	46	0	176	265	0.16	0.17	0.00	0.66	C	17	0.66
551	56	35	197	0	288	0.19	0.12	0.68	0.00	G	32	0.68
552	64	50	0	174	288	0.22	0.17	0.00	0.60	C	32	0.60
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556	0	266	0	12	278	0.00	0.96	0.00	0.04	T	31	0.96
557	252	0	0	24	276	0.91	0.00	0.00	0.09	A	17	0.91
558	0	52	35	0	87	0.00	0.60	0.40	0.00	T	12	0.60
559	0	0	0	136	136	0.00	0.00	0.00	1.00	C	10	1.00
560	82	24	68	70	244	0.34	0.10	0.28	0.29	N	11	0.34
561	59	81	112	0	252	0.23	0.32	0.44	0.00	G	11	0.44
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563	59	169	78	0	306	0.19	0.55	0.25	0.00	T	33	0.55
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578	69	202	0	0	271	0.25	0.75	0.00	0.00	T	34	0.75
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585	181	0	32	39	252	0.72	0.00	0.13	0.15	A	35	0.72
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588	0	262	0	0	262	0.00	1.00	0.00	0.00	T	26	1.00
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592	9	41	184	0	234	0.04	0.18	0.79	0.00	G	15	0.79
593	170	0	184	21	375	0.45	0.00	0.49	0.06	G	17	0.49
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595	0	298	11	29	338	0.00	0.88	0.03	0.09	T	27	0.88
596	142	358	5	7	512	0.28	0.70	0.01	0.01	T	33	0.70
597	0	0	0	136	136	0.00	0.00	0.00	1.00	C	32	1.00
598	108	0	106	0	214	0.50	0.00	0.50	0.00	A	16	0.50
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600	262	0	0	0	262	1.00	0.00	0.00	0.00	A	21	1.00
601	0	75	94	100	269	0.00	0.28	0.35	0.37	C	27	0.37
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608	64	244	49	0	357	0.18	0.68	0.14	0.00	T	31	0.68
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620	67	40	135	0	242	0.28	0.17	0.56	0.00	G	10	0.56
621	56	176	0	50	282	0.20	0.62	0.00	0.18	T	16	0.62
622	20	16	160	74	270	0.07	0.06	0.59	0.27	G	27	0.59
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686	114	158	0	0	272	0.42	0.58	0.00	0.00	T	22	0.58
687	166	54	73	90	383	0.43	0.14	0.19	0.23	N	18	0.43
688	0	0	100	60	160	0.00	0.00	0.62	0.38	G	26	0.62
689	0	165	0	22	187	0.00	0.88	0.00	0.12	T	26	0.88
690	259	0	111	0	370	0.70	0.00	0.30	0.00	A	20	0.70
691	0	250	0	6	256	0.00	0.98	0.00	0.02	T	28	0.98
692	0	104	173	35	312	0.00	0.33	0.55	0.11	G	34	0.55
693	67	45	140	10	262	0.26	0.17	0.53	0.04	G	33	0.53
694	94	161	0	1	256	0.37	0.63	0.00	0.00	T	27	0.63
695	91	0	0	31	122	0.75	0.00	0.00	0.25	A	22	0.75
696	0	0	200	0	200	0.00	0.00	1.00	0.00	G	18	1.00
697	0	55	0	180	235	0.00	0.23	0.00	0.77	C	22	0.77
698	118	130	0	96	344	0.34	0.38	0.00	0.28	T	11	0.38
699	87	0	56	0	143	0.61	0.00	0.39	0.00	A	12	0.61
700	0	190	37	46	273	0.00	0.70	0.14	0.17	T	21	0.70
701	212	0	9	0	221	0.96	0.00	0.04	0.00	A	31	0.96
702	92	162	23	64	341	0.27	0.48	0.07	0.19	T	19	0.48
703	45	179	23	31	278	0.16	0.64	0.08	0.11	T	21	0.64
704	13	0	0	0	13	1.00	0.00	0.00	0.00	A	14	1.00
705	0	0	225	61	286	0.00	0.00	0.79	0.21	G	12	0.79
706	18	168	0	0	186	0.10	0.90	0.00	0.00	T	25	0.90
707	3	0	209	0	212	0.01	0.00	0.99	0.00	G	27	0.99
708	0	130	0	237	367	0.00	0.35	0.00	0.65	C	17	0.65
709	0	0	14	0	14	0.00	0.00	1.00	0.00	G	27	1.00
710	157	0	14	91	262	0.60	0.00	0.05	0.35	A	22	0.60
711	0	0	91	92	183	0.00	0.00	0.50	0.50	C	19	0.50
712	0	139	0	28	167	0.00	0.83	0.00	0.17	T	17	0.83
713	181	0	111	62	354	0.51	0.00	0.31	0.18	A	14	0.51
714	24	216	0	65	305	0.08	0.71	0.00	0.21	T	22	0.71
715	0	286	0	66	352	0.00	0.81	0.00	0.19	T	31	0.81
716	0	0	0	38	38	0.00	0.00	0.00	1.00	C	26	1.00
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718	150	24	0	22	196	0.77	0.12	0.00	0.11	A	23	0.77
719	0	125	49	53	227	0.00	0.55	0.22	0.23	T	34	0.55
720	195	31	76	19	321	0.61	0.10	0.24	0.06	A	30	0.61
721	0	0	160	71	231	0.00	0.00	0.69	0.31	G	30	0.69
722	10	0	142	47	199	0.05	0.00	0.71	0.24	G	30	0.71
723	2	54	222	37	315	0.01	0.17	0.70	0.12	G	21	0.70
724	0	42	0	0	42	0.00	1.00	0.00	0.00	T	16	1.00
725	131	0	42	111	284	0.46	0.00	0.15	0.39	A	8	0.46
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845	0	149	20	52	221	0.00	0.67	0.09	0.24	T	19	0.67
846	105	140	26	9	280	0.38	0.50	0.09	0.03	T	19	0.50
847	154	0	5	69	228	0.68	0.00	0.02	0.30	A	21	0.68
848	129	0	92	61	282	0.46	0.00	0.33	0.22	A	8	0.46
849	0	21	89	0	110	0.00	0.19	0.81	0.00	G	6	0.81
850	9	60	97	0	166	0.05	0.36	0.58	0.00	G	8	0.58
851	0	0	0	194	194	0.00	0.00	0.00	1.00	C	21	1.00
852	101	36	90	0	227	0.44	0.16	0.40	0.00	A	12	0.44
853	0	53	53	99	205	0.00	0.26	0.26	0.48	C	14	0.48
854	2	0	0	112	114	0.02	0.00	0.00	0.98	C	12	0.98
855	70	132	0	82	284	0.25	0.46	0.00	0.29	T	18	0.46
856	0	0	187	37	224	0.00	0.00	0.83	0.17	G	13	0.83
857	97	0	0	78	175	0.55	0.00	0.00	0.45	A	3	0.55
858	134	60	61	0	255	0.53	0.24	0.24	0.00	A	13	0.53
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860	59	0	151	0	210	0.28	0.00	0.72	0.00	G	14	0.72
861	0	0	150	100	250	0.00	0.00	0.60	0.40	G	10	0.60
862	0	9	0	0	9	0.00	1.00	0.00	0.00	T	14	1.00
863	94	47	0	62	203	0.46	0.23	0.00	0.31	A	8	0.46
864	0	85	52	57	194	0.00	0.44	0.27	0.29	T	7	0.44
865	156	119	49	0	324	0.48	0.37	0.15	0.00	A	7	0.48
866	0	140	57	0	197	0.00	0.71	0.29	0.00	T	16	0.71
867	78	0	0	45	123	0.63	0.00	0.00	0.37	A	14	0.63
868	0	0	14	0	14	0.00	0.00	1.00	0.00	G	24	1.00
869	153	0	12	51	216	0.71	0.00	0.06	0.24	A	21	0.71
870	59	138	0	0	197	0.30	0.70	0.00	0.00	T	24	0.70
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872	2	0	95	0	97	0.02	0.00	0.98	0.00	G	14	0.98
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1003	188	0	24	0	212	0.89	0.00	0.11	0.00	A	21	0.89
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1008	98	202	0	0	300	0.33	0.67	0.00	0.00	T	15	0.67
1009	84	218	20	0	322	0.26	0.68	0.06	0.00	T	15	0.68
1010	74	0	20	0	94	0.79	0.00	0.21	0.00	A	15	0.79
1011	0	132	0	87	219	0.00	0.60	0.00	0.40	T	18	0.60
1012	67	0	32	63	162	0.41	0.00	0.20	0.39	A	21	0.41
1013	17	196	37	0	250	0.07	0.78	0.15	0.00	T	17	0.78
1014	40	226	22	46	334	0.12	0.68	0.07	0.14	T	19	0.68
1015	0	221	0	52	273	0.00	0.81	0.00	0.19	T	14	0.81
1016	32	0	0	84	116	0.28	0.00	0.00	0.72	C	14	0.72
1017	6	0	61	112	179	0.03	0.00	0.34	0.63	C	8	0.63
1018	0	146	105	0	251	0.00	0.58	0.42	0.00	T	12	0.58
1019	0	127	113	0	240	0.00	0.53	0.47	0.00	T	6	0.53
1020	0	141	123	47	311	0.00	0.45	0.40	0.15	T	3	0.45
1021	55	0	0	0	55	1.00	0.00	0.00	0.00	A	8	1.00
1022	0	108	0	132	240	0.00	0.45	0.00	0.55	C	8	0.55
1023	51	108	40	0	199	0.26	0.54	0.20	0.00	T	7	0.54
1024	0	78	0	133	211	0.00	0.37	0.00	0.63	C	8	0.63
1025	73	57	0	120	250	0.29	0.23	0.00	0.48	C	7	0.48
1026	69	52	38	56	215	0.32	0.24	0.18	0.26	N	8	0.32
1027	84	43	89	56	272	0.31	0.16	0.33	0.21	N	8	0.33
1028	83	85	96	33	297	0.28	0.29	0.32	0.11	N	8	0.32
1029	0	80	0	0	80	0.00	1.00	0.00	0.00	T	7	1.00
1030	60	76	105	14	255	0.24	0.30	0.41	0.05	G	6	0.41
1031	90	120	64	6	280	0.32	0.43	0.23	0.02	T	12	0.43
1032	53	94	0	0	147	0.36	0.64	0.00	0.00	T	10	0.64
1033	100	7	83	0	190	0.53	0.04	0.44	0.00	A	8	0.53
1034	82	0	72	82	236	0.35	0.00	0.31	0.35	A	8	0.35
1035	99	0	61	51	211	0.47	0.00	0.29	0.24	A	10	0.47
1036	77	0	46	91	214	0.36	0.00	0.21	0.43	C	8	0.43
1037	93	0	63	0	156	0.60	0.00	0.40	0.00	A	6	0.60
1038	106	0	26	130	262	0.40	0.00	0.10	0.50	C	8	0.50
1039	0	21	0	156	177	0.00	0.12	0.00	0.88	C	8	0.88
1040	0	99	63	0	162	0.00	0.61	0.39	0.00	T	15	0.61
1041	102	117	63	78	360	0.28	0.32	0.17	0.22	N	7	0.32
1042	101	0	0	0	101	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
1043	0	79	0	155	234	0.00	0.34	0.00	0.66	C	8	0.66
1044	0	0	103	138	241	0.00	0.00	0.43	0.57	C	5	0.57
1045	0	128	91	96	315	0.00	0.41	0.29	0.30	T	15	0.41
1046	6	161	101	63	331	0.02	0.49	0.31	0.19	T	15	0.49
1047	0	131	50	62	243	0.00	0.54	0.21	0.26	T	12	0.54
1048	0	114	0	83	197	0.00	0.58	0.00	0.42	T	12	0.58
1049	99	178	46	0	323	0.31	0.55	0.14	0.00	T	14	0.55
1050	0	197	0	15	212	0.00	0.93	0.00	0.07	T	11	0.93
1051	104	196	21	0	321	0.32	0.61	0.07	0.00	T	10	0.61
1052	0	0	2	125	127	0.00	0.00	0.02	0.98	C	15	0.98
1053	110	62	9	148	329	0.33	0.19	0.03	0.45	C	12	0.45
1054	0	99	2	0	101	0.00	0.98	0.02	0.00	T	12	0.98
1055	41	143	3	112	299	0.14	0.48	0.01	0.37	T	16	0.48
1056	50	0	0	92	142	0.35	0.00	0.00	0.65	C	18	0.65
1057	53	244	0	37	334	0.16	0.73	0.00	0.11	T	16	0.73
1058	20	204	31	29	284	0.07	0.72	0.11	0.10	T	12	0.72
1059	101	209	45	0	355	0.28	0.59	0.13	0.00	T	7	0.59
1060	128	107	0	15	250	0.51	0.43	0.00	0.06	A	8	0.51
1061	96	0	46	0	142	0.68	0.00	0.32	0.00	A	9	0.68
1062	129	91	29	49	298	0.43	0.31	0.10	0.16	A	13	0.43
1063	88	76	46	48	258	0.34	0.29	0.18	0.19	N	8	0.34
1064	92	0	0	35	127	0.72	0.00	0.00	0.28	A	6	0.72
1065	0	133	2	25	160	0.00	0.83	0.01	0.16	T	8	0.83
1066	109	0	0	43	152	0.72	0.00	0.00	0.28	A	12	0.72
1067	0	177	17	0	194	0.00	0.91	0.09	0.00	T	16	0.91
1068	0	114	40	0	154	0.00	0.74	0.26	0.00	T	14	0.74
1069	67	0	0	75	142	0.47	0.00	0.00	0.53	C	7	0.53
1070	74	132	24	39	269	0.28	0.49	0.09	0.14	T	7	0.49
1071	0	154	0	39	193	0.00	0.80	0.00	0.20	T	10	0.80
1072	51	88	69	2	210	0.24	0.42	0.33	0.01	T	9	0.42
1073	89	82	80	0	251	0.35	0.33	0.32	0.00	A	9	0.35

Quality report

Trimming thresholds :

• Trimming Method : M1
  
• Minimum base error probability : 0.001 %
  
• Minimum Phred quality score : 30

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	1073 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores :	20.76

Quality report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	169 bp
Trimmed sequence start position :	30
Trimmed sequence end position :	199
Mean of trimmed sequence Phred quality scores :	24.15

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

• Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  
• Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  
• Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	1073 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios :	0.73
Percentage of non-mixed positions on raw sequence :	47.44 %

Mixed peak report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	975 bp
Trimmed sequence start position :	1
Trimmed sequence end position :	975
Mean of trimmed sequence primary peak ratios :	0.74
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence :	49.95 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Final trimmed sequence information	Values
Length :	170 bp
Start position :	30
End position :	199
Mean of Phred quality scores :	24.22
Mean of primary peak ratio :	0.82
Percentage of non-mixed positions :	69.41 %

Chromatogram

Table

Sequencing result #2

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 225 bp

## CAATTAATTCCATACCCTCTAACCTAACTTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACCACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTAAT

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
1	0	0	0	1716	1716	0.00	0.00	0.00	1.00	C	14	1.00
2	1911	1317	0	0	3228	0.59	0.41	0.00	0.00	A	5	0.59
3	1244	0	0	872	2116	0.59	0.00	0.00	0.41	A	7	0.59
4	0	2071	0	0	2071	0.00	1.00	0.00	0.00	T	3	1.00
5	1362	2091	0	3	3456	0.39	0.61	0.00	0.00	T	6	0.61
6	1994	0	0	557	2551	0.78	0.00	0.00	0.22	A	6	0.78
7	1645	0	0	0	1645	1.00	0.00	0.00	0.00	A	40	1.00
8	0	1830	0	0	1830	0.00	1.00	0.00	0.00	T	47	1.00
9	0	2646	0	0	2646	0.00	1.00	0.00	0.00	T	37	1.00
10	2	0	0	1543	1545	0.00	0.00	0.00	1.00	C	37	1.00
11	0	0	0	1309	1309	0.00	0.00	0.00	1.00	C	42	1.00
12	1139	0	0	0	1139	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
13	0	943	0	137	1080	0.00	0.87	0.00	0.13	T	24	0.87
14	1234	0	0	0	1234	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
15	0	0	0	1252	1252	0.00	0.00	0.00	1.00	C	20	1.00
16	0	0	0	1457	1457	0.00	0.00	0.00	1.00	C	48	1.00
17	0	2	0	1231	1233	0.00	0.00	0.00	1.00	C	48	1.00
18	0	1898	0	0	1898	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
19	0	0	0	1203	1203	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
20	0	1083	0	0	1083	0.00	1.00	0.00	0.00	T	55	1.00
21	1292	0	0	0	1292	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
22	1076	0	0	0	1076	1.00	0.00	0.00	0.00	A	26	1.00
23	0	0	0	787	787	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
24	0	1	0	1050	1051	0.00	0.00	0.00	1.00	C	57	1.00
25	0	1118	0	1	1119	0.00	1.00	0.00	0.00	T	50	1.00
26	1301	0	0	0	1301	1.00	0.00	0.00	0.00	A	23	1.00
27	695	0	0	0	695	1.00	0.00	0.00	0.00	A	23	1.00
28	0	0	0	179	179	0.00	0.00	0.00	1.00	C	13	1.00
29	0	1656	0	1	1657	0.00	1.00	0.00	0.00	T	25	1.00
30	0	2480	0	0	2480	0.00	1.00	0.00	0.00	T	50	1.00
31	1317	2	0	1	1320	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
32	0	0	0	1038	1038	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
33	2	1195	0	72	1269	0.00	0.94	0.00	0.06	T	41	0.94
34	1002	609	0	0	1611	0.62	0.38	0.00	0.00	A	14	0.62
35	967	0	0	0	967	1.00	0.00	0.00	0.00	A	26	1.00
36	509	0	0	0	509	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
37	0	0	0	1061	1061	0.00	0.00	0.00	1.00	C	26	1.00
38	71	0	0	777	848	0.08	0.00	0.00	0.92	C	48	0.92
39	0	1	0	1521	1522	0.00	0.00	0.00	1.00	C	47	1.00
40	0	1695	0	121	1816	0.00	0.93	0.00	0.07	T	44	0.93
41	11	2209	0	0	2220	0.00	1.00	0.00	0.00	T	46	1.00
42	85	1566	0	0	1651	0.05	0.95	0.00	0.00	T	28	0.95
43	1103	0	0	0	1103	1.00	0.00	0.00	0.00	A	31	1.00
44	0	222	1015	0	1237	0.00	0.18	0.82	0.00	G	31	0.82
45	83	1011	0	0	1094	0.08	0.92	0.00	0.00	T	47	0.92
46	0	3	1003	0	1006	0.00	0.00	1.00	0.00	G	36	1.00
47	797	0	0	246	1043	0.76	0.00	0.00	0.24	A	25	0.76
48	1	0	1099	352	1452	0.00	0.00	0.76	0.24	G	28	0.76
49	0	0	1765	303	2068	0.00	0.00	0.85	0.15	G	36	0.85
50	0	5	1133	442	1580	0.00	0.00	0.72	0.28	G	28	0.72
51	0	1256	1	0	1257	0.00	1.00	0.00	0.00	T	46	1.00
52	0	1234	0	0	1234	0.00	1.00	0.00	0.00	T	36	1.00
53	1284	4	0	0	1288	1.00	0.00	0.00	0.00	A	28	1.00
54	1156	0	0	0	1156	1.00	0.00	0.00	0.00	A	19	1.00
55	191	1760	0	0	1951	0.10	0.90	0.00	0.00	T	17	0.90
56	191	4604	0	404	5199	0.04	0.89	0.00	0.08	T	30	0.89
57	4997	11	0	0	5008	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
58	0	0	0	474	474	0.00	0.00	0.00	1.00	C	21	1.00
59	309	0	0	521	830	0.37	0.00	0.00	0.63	C	10	0.63
60	99	0	2	0	101	0.98	0.00	0.02	0.00	A	11	0.98
61	0	0	0	514	514	0.00	0.00	0.00	1.00	C	41	1.00
62	0	0	0	707	707	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
63	0	0	0	736	736	0.00	0.00	0.00	1.00	C	52	1.00
64	0	0	0	754	754	0.00	0.00	0.00	1.00	C	54	1.00
65	0	0	0	694	694	0.00	0.00	0.00	1.00	C	54	1.00
66	1	0	0	624	625	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
67	232	0	4	0	236	0.98	0.00	0.02	0.00	A	58	0.98
68	0	606	0	0	606	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
69	437	0	0	0	437	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
70	0	0	0	584	584	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
71	0	0	0	656	656	0.00	0.00	0.00	1.00	C	41	1.00
72	232	0	0	134	366	0.63	0.00	0.00	0.37	A	36	0.63
73	1	0	8	312	321	0.00	0.00	0.02	0.97	C	41	0.97
74	1	693	0	0	694	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
75	449	88	0	0	537	0.84	0.16	0.00	0.00	A	34	0.84
76	399	34	0	0	433	0.92	0.08	0.00	0.00	A	34	0.92
77	0	645	0	0	645	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
78	1	1014	0	0	1015	0.00	1.00	0.00	0.00	T	51	1.00
79	458	215	0	0	673	0.68	0.32	0.00	0.00	A	32	0.68
80	385	0	0	0	385	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
81	0	0	0	356	356	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
82	1	644	0	0	645	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
83	422	52	0	0	474	0.89	0.11	0.00	0.00	A	58	0.89
84	393	0	0	0	393	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
85	369	0	0	0	369	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
86	482	0	0	0	482	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
87	384	0	0	0	384	1.00	0.00	0.00	0.00	A	46	1.00
88	0	759	0	0	759	0.00	1.00	0.00	0.00	T	46	1.00
89	0	1027	0	2	1029	0.00	1.00	0.00	0.00	T	46	1.00
90	0	88	0	519	607	0.00	0.14	0.00	0.86	C	27	0.86
91	159	0	0	77	236	0.67	0.00	0.00	0.33	A	36	0.67
92	0	0	0	501	501	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
93	0	9	0	590	599	0.00	0.02	0.00	0.98	C	58	0.98
94	2	704	0	20	726	0.00	0.97	0.00	0.03	T	58	0.97
95	461	0	0	2	463	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
96	6	0	0	516	522	0.01	0.00	0.00	0.99	C	58	0.99
97	0	0	0	507	507	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
98	300	0	0	0	300	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
99	187	0	2	2	191	0.98	0.00	0.01	0.01	A	58	0.98
100	0	0	0	499	499	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
101	0	0	0	601	601	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
102	276	0	0	174	450	0.61	0.00	0.00	0.39	A	25	0.61
103	22	0	0	435	457	0.05	0.00	0.00	0.95	C	34	0.95
104	336	0	0	81	417	0.81	0.00	0.00	0.19	A	32	0.81
105	369	0	0	2	371	0.99	0.00	0.00	0.01	A	58	0.99
106	3	0	0	461	464	0.01	0.00	0.00	0.99	C	51	0.99
107	1	0	0	572	573	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
108	315	0	0	81	396	0.80	0.00	0.00	0.20	A	34	0.80
109	395	6	0	0	401	0.99	0.01	0.00	0.00	A	51	0.99
110	5	594	0	0	599	0.01	0.99	0.00	0.00	T	46	0.99
111	0	38	0	585	623	0.00	0.06	0.00	0.94	C	36	0.94
112	301	0	0	115	416	0.72	0.00	0.00	0.28	A	34	0.72
113	226	2	0	0	228	0.99	0.01	0.00	0.00	A	58	0.99
114	30	0	0	331	361	0.08	0.00	0.00	0.92	C	58	0.92
115	211	0	0	1	212	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
116	392	0	0	2	394	0.99	0.00	0.00	0.01	A	58	0.99
117	31	0	0	418	449	0.07	0.00	0.00	0.93	C	41	0.93
118	271	0	0	142	413	0.66	0.00	0.00	0.34	A	25	0.66
119	14	0	2	291	307	0.05	0.00	0.01	0.95	C	41	0.95
120	304	0	0	48	352	0.86	0.00	0.00	0.14	A	34	0.86
121	182	0	13	0	195	0.93	0.00	0.07	0.00	A	58	0.93
122	420	0	0	0	420	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
123	0	0	0	562	562	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
124	0	0	0	734	734	0.00	0.00	0.00	1.00	C	61	1.00
125	0	0	0	846	846	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
126	0	135	0	730	865	0.00	0.16	0.00	0.84	C	34	0.84
127	0	860	0	71	931	0.00	0.92	0.00	0.08	T	34	0.92
128	0	208	0	809	1017	0.00	0.20	0.00	0.80	C	34	0.80
129	0	0	0	805	805	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
130	0	0	0	745	745	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
131	1	0	0	649	650	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
132	316	0	0	90	406	0.78	0.00	0.00	0.22	A	32	0.78
133	422	0	0	0	422	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
134	528	0	0	0	528	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
135	253	0	0	0	253	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
136	0	0	0	353	353	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
137	348	0	0	1	349	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
138	223	0	0	0	223	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
139	546	0	0	0	546	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
140	449	0	0	0	449	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
141	9	121	0	405	535	0.02	0.23	0.00	0.76	C	32	0.76
142	2	717	0	2	721	0.00	0.99	0.00	0.00	T	51	0.99
143	517	175	0	0	692	0.75	0.25	0.00	0.00	A	32	0.75
144	495	0	16	2	513	0.96	0.00	0.03	0.00	A	51	0.96
145	63	0	17	367	447	0.14	0.00	0.04	0.82	C	58	0.82
146	392	0	25	2	419	0.94	0.00	0.06	0.00	A	58	0.94
147	369	0	32	3	404	0.91	0.00	0.08	0.01	A	58	0.91
148	1	0	0	575	576	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
149	0	0	0	762	762	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
150	0	0	0	686	686	0.00	0.00	0.00	1.00	C	41	1.00
151	276	0	0	213	489	0.56	0.00	0.00	0.44	A	25	0.56
152	0	0	0	401	401	0.00	0.00	0.00	1.00	C	41	1.00
153	0	0	0	759	759	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
154	0	0	0	743	743	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
155	301	0	0	215	516	0.58	0.00	0.00	0.42	A	25	0.58
156	1	0	0	602	603	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
157	0	0	0	742	742	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
158	1	0	0	368	369	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
159	306	0	0	102	408	0.75	0.00	0.00	0.25	A	31	0.75
160	323	0	1	8	332	0.97	0.00	0.00	0.02	A	58	0.97
161	1	0	0	526	527	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
162	0	32	0	720	752	0.00	0.04	0.00	0.96	C	58	0.96
163	0	733	0	68	801	0.00	0.92	0.00	0.08	T	51	0.92
164	0	65	0	685	750	0.00	0.09	0.00	0.91	C	46	0.91
165	271	0	0	186	457	0.59	0.00	0.00	0.41	A	25	0.59
166	21	0	0	422	443	0.05	0.00	0.00	0.95	C	29	0.95
167	285	132	0	0	417	0.68	0.32	0.00	0.00	A	31	0.68
168	18	684	0	0	702	0.03	0.97	0.00	0.00	T	46	0.97
169	479	125	0	0	604	0.79	0.21	0.00	0.00	A	34	0.79
170	442	0	0	0	442	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
171	359	0	0	3	362	0.99	0.00	0.00	0.01	A	34	0.99
172	22	0	0	518	540	0.04	0.00	0.00	0.96	C	41	0.96
173	386	0	0	263	649	0.59	0.00	0.00	0.41	A	25	0.59
174	19	0	0	527	546	0.03	0.00	0.00	0.97	C	41	0.97
175	270	0	0	28	298	0.91	0.00	0.00	0.09	A	58	0.91
176	345	83	0	0	428	0.81	0.19	0.00	0.00	A	34	0.81
177	32	499	0	0	531	0.06	0.94	0.00	0.00	T	34	0.94
178	564	12	0	0	576	0.98	0.02	0.00	0.00	A	58	0.98
179	363	0	0	95	458	0.79	0.00	0.00	0.21	A	34	0.79
180	0	0	0	653	653	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
181	0	0	0	798	798	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
182	0	3	0	730	733	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
183	0	773	0	94	867	0.00	0.89	0.00	0.11	T	58	0.89
184	0	83	0	700	783	0.00	0.11	0.00	0.89	C	51	0.89
185	0	608	0	26	634	0.00	0.96	0.00	0.04	T	51	0.96
186	478	12	0	0	490	0.98	0.02	0.00	0.00	A	58	0.98
187	415	0	0	2	417	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
188	0	0	0	524	524	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
189	0	0	0	629	629	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
190	0	559	0	27	586	0.00	0.95	0.00	0.05	T	58	0.95
191	488	14	0	0	502	0.97	0.03	0.00	0.00	A	58	0.97
192	394	0	0	0	394	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
193	395	0	0	0	395	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
194	413	87	0	0	500	0.83	0.17	0.00	0.00	A	34	0.83
195	0	822	0	0	822	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
196	2	1024	0	0	1026	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
197	462	216	0	2	680	0.68	0.32	0.00	0.00	A	34	0.68
198	10	0	0	477	487	0.02	0.00	0.00	0.98	C	34	0.98
199	5	535	0	19	559	0.01	0.96	0.00	0.03	T	58	0.96
200	498	13	0	0	511	0.97	0.03	0.00	0.00	A	58	0.97
201	436	0	0	0	436	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
202	307	0	0	88	395	0.78	0.00	0.00	0.22	A	34	0.78
203	1	0	0	502	503	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
204	0	0	0	724	724	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
205	0	142	0	646	788	0.00	0.18	0.00	0.82	C	34	0.82
206	0	887	0	15	902	0.00	0.98	0.00	0.02	T	58	0.98
207	0	1207	0	0	1207	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
208	5	960	0	0	965	0.01	0.99	0.00	0.00	T	46	0.99
209	440	213	0	0	653	0.67	0.33	0.00	0.00	A	31	0.67
210	8	299	537	0	844	0.01	0.35	0.64	0.00	G	24	0.64
211	0	510	238	0	748	0.00	0.68	0.32	0.00	T	28	0.68
212	0	46	435	0	481	0.00	0.10	0.90	0.00	G	25	0.90
213	352	0	314	0	666	0.53	0.00	0.47	0.00	A	10	0.53
214	1	0	639	0	640	0.00	0.00	1.00	0.00	G	25	1.00
215	0	0	803	0	803	0.00	0.00	1.00	0.00	G	33	1.00
216	0	124	597	0	721	0.00	0.17	0.83	0.00	G	24	0.83
217	0	598	0	0	598	0.00	1.00	0.00	0.00	T	35	1.00
218	130	650	0	0	780	0.17	0.83	0.00	0.00	T	25	0.83
219	490	0	0	0	490	1.00	0.00	0.00	0.00	A	25	1.00
220	452	0	0	0	452	1.00	0.00	0.00	0.00	A	30	1.00
221	0	981	0	0	981	0.00	1.00	0.00	0.00	T	29	1.00
222	288	2053	0	0	2341	0.12	0.88	0.00	0.00	T	28	0.88
223	2039	329	0	54	2422	0.84	0.14	0.00	0.02	A	16	0.84
224	602	0	0	0	602	1.00	0.00	0.00	0.00	A	16	1.00
225	0	23	0	0	23	0.00	1.00	0.00	0.00	T	5	1.00

Quality report

Trimming thresholds :

• Trimming Method : M1
  
• Minimum base error probability : 0.001 %
  
• Minimum Phred quality score : 30

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	225 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores :	42.3

Quality report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	202 bp
Trimmed sequence start position :	7
Trimmed sequence end position :	209
Mean of trimmed sequence Phred quality scores :	44.84

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

• Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  
• Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  
• Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp

Raw sequence information	Values
Raw sequence length :	225 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios :	0.93
Percentage of non-mixed positions on raw sequence :	90.22 %

Mixed peak report - Trimmed sequence information	Values
Trimmed sequence length :	220 bp
Trimmed sequence start position :	6
Trimmed sequence end position :	225
Mean of trimmed sequence primary peak ratios :	0.93
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence :	91.36 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Final trimmed sequence information	Values
Length :	203 bp
Start position :	7
End position :	209
Mean of Phred quality scores :	44.82
Mean of primary peak ratio :	0.94
Percentage of non-mixed positions :	92.12 %

Sequence of primary peaks:

## ATTCCATACCCTCTAACCTAACTTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACCACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTA

Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table

Position	A peak	T peak	G peak	C peak	Total	A ratio	T ratio	G ratio	C ratio	Primary base	Quality score	Primary ratio
7	1645	0	0	0	1645	1.00	0.00	0.00	0.00	A	40	1.00
8	0	1830	0	0	1830	0.00	1.00	0.00	0.00	T	47	1.00
9	0	2646	0	0	2646	0.00	1.00	0.00	0.00	T	37	1.00
10	2	0	0	1543	1545	0.00	0.00	0.00	1.00	C	37	1.00
11	0	0	0	1309	1309	0.00	0.00	0.00	1.00	C	42	1.00
12	1139	0	0	0	1139	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
13	0	943	0	137	1080	0.00	0.87	0.00	0.13	T	24	0.87
14	1234	0	0	0	1234	1.00	0.00	0.00	0.00	A	20	1.00
15	0	0	0	1252	1252	0.00	0.00	0.00	1.00	C	20	1.00
16	0	0	0	1457	1457	0.00	0.00	0.00	1.00	C	48	1.00
17	0	2	0	1231	1233	0.00	0.00	0.00	1.00	C	48	1.00
18	0	1898	0	0	1898	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
19	0	0	0	1203	1203	0.00	0.00	0.00	1.00	C	51	1.00
20	0	1083	0	0	1083	0.00	1.00	0.00	0.00	T	55	1.00
21	1292	0	0	0	1292	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
22	1076	0	0	0	1076	1.00	0.00	0.00	0.00	A	26	1.00
23	0	0	0	787	787	0.00	0.00	0.00	1.00	C	46	1.00
24	0	1	0	1050	1051	0.00	0.00	0.00	1.00	C	57	1.00
25	0	1118	0	1	1119	0.00	1.00	0.00	0.00	T	50	1.00
26	1301	0	0	0	1301	1.00	0.00	0.00	0.00	A	23	1.00
27	695	0	0	0	695	1.00	0.00	0.00	0.00	A	23	1.00
28	0	0	0	179	179	0.00	0.00	0.00	1.00	C	13	1.00
29	0	1656	0	1	1657	0.00	1.00	0.00	0.00	T	25	1.00
30	0	2480	0	0	2480	0.00	1.00	0.00	0.00	T	50	1.00
31	1317	2	0	1	1320	1.00	0.00	0.00	0.00	A	51	1.00
32	0	0	0	1038	1038	0.00	0.00	0.00	1.00	C	50	1.00
33	2	1195	0	72	1269	0.00	0.94	0.00	0.06	T	41	0.94
34	1002	609	0	0	1611	0.62	0.38	0.00	0.00	A	14	0.62
35	967	0	0	0	967	1.00	0.00	0.00	0.00	A	26	1.00
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39	0	1	0	1521	1522	0.00	0.00	0.00	1.00	C	47	1.00
40	0	1695	0	121	1816	0.00	0.93	0.00	0.07	T	44	0.93
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143	517	175	0	0	692	0.75	0.25	0.00	0.00	A	32	0.75
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162	0	32	0	720	752	0.00	0.04	0.00	0.96	C	58	0.96
163	0	733	0	68	801	0.00	0.92	0.00	0.08	T	51	0.92
164	0	65	0	685	750	0.00	0.09	0.00	0.91	C	46	0.91
165	271	0	0	186	457	0.59	0.00	0.00	0.41	A	25	0.59
166	21	0	0	422	443	0.05	0.00	0.00	0.95	C	29	0.95
167	285	132	0	0	417	0.68	0.32	0.00	0.00	A	31	0.68
168	18	684	0	0	702	0.03	0.97	0.00	0.00	T	46	0.97
169	479	125	0	0	604	0.79	0.21	0.00	0.00	A	34	0.79
170	442	0	0	0	442	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
171	359	0	0	3	362	0.99	0.00	0.00	0.01	A	34	0.99
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174	19	0	0	527	546	0.03	0.00	0.00	0.97	C	41	0.97
175	270	0	0	28	298	0.91	0.00	0.00	0.09	A	58	0.91
176	345	83	0	0	428	0.81	0.19	0.00	0.00	A	34	0.81
177	32	499	0	0	531	0.06	0.94	0.00	0.00	T	34	0.94
178	564	12	0	0	576	0.98	0.02	0.00	0.00	A	58	0.98
179	363	0	0	95	458	0.79	0.00	0.00	0.21	A	34	0.79
180	0	0	0	653	653	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
181	0	0	0	798	798	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
182	0	3	0	730	733	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
183	0	773	0	94	867	0.00	0.89	0.00	0.11	T	58	0.89
184	0	83	0	700	783	0.00	0.11	0.00	0.89	C	51	0.89
185	0	608	0	26	634	0.00	0.96	0.00	0.04	T	51	0.96
186	478	12	0	0	490	0.98	0.02	0.00	0.00	A	58	0.98
187	415	0	0	2	417	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
188	0	0	0	524	524	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
189	0	0	0	629	629	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
190	0	559	0	27	586	0.00	0.95	0.00	0.05	T	58	0.95
191	488	14	0	0	502	0.97	0.03	0.00	0.00	A	58	0.97
192	394	0	0	0	394	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
193	395	0	0	0	395	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
194	413	87	0	0	500	0.83	0.17	0.00	0.00	A	34	0.83
195	0	822	0	0	822	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
196	2	1024	0	0	1026	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
197	462	216	0	2	680	0.68	0.32	0.00	0.00	A	34	0.68
198	10	0	0	477	487	0.02	0.00	0.00	0.98	C	34	0.98
199	5	535	0	19	559	0.01	0.96	0.00	0.03	T	58	0.96
200	498	13	0	0	511	0.97	0.03	0.00	0.00	A	58	0.97
201	436	0	0	0	436	1.00	0.00	0.00	0.00	A	58	1.00
202	307	0	0	88	395	0.78	0.00	0.00	0.22	A	34	0.78
203	1	0	0	502	503	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
204	0	0	0	724	724	0.00	0.00	0.00	1.00	C	58	1.00
205	0	142	0	646	788	0.00	0.18	0.00	0.82	C	34	0.82
206	0	887	0	15	902	0.00	0.98	0.00	0.02	T	58	0.98
207	0	1207	0	0	1207	0.00	1.00	0.00	0.00	T	58	1.00
208	5	960	0	0	965	0.01	0.99	0.00	0.00	T	46	0.99
209	440	213	0	0	653	0.67	0.33	0.00	0.00	A	31	0.67

Alignments

Sequencing result #1

Sequencing result #1 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

Direction determination

Warning: Insufficient quality of trimmed sequence for direction determination.

Sequencing result #2

Sequencing result #2 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Sat Jun  4 11:19:23 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 8
## # Identity:       8/8 (100.0%)
## # Similarity:    NA/8 (NA%)
## # Gaps:           0/8 (0.0%)
## # Score: 15.85405
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                40 GAGGGTTA     47
##                      ||||||||
## S1                87 GAGGGTTA     94
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Sat Jun  4 11:19:23 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 146
## # Identity:     133/146 (91.1%)
## # Similarity:    NA/146 (NA%)
## # Gaps:           0/146 (0.0%)
## # Score: 186.8826
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                51 ACCACCCCCCATACCACTAA     70
##                      ||| |||||| |||| ||||
## S1               128 ACCGCCCCCCGTACCGCTAA    147
## 
## P1                71 TTAACTAAAAATTCACCTAC     90
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               148 TTAACTAAAAATTCACCTAC    167
## 
## P1                91 CAACCACAACCAATCAACAA    110
##                      | ||||||||||||||||||
## S1               168 CGACCACAACCAATCAACAA    187
## 
## P1               111 CACAAACCCCTCCCCAAAAC    130
##                      | | ||||||||||||||||
## S1               188 CGCGAACCCCTCCCCAAAAC    207
## 
## P1               131 AAAACTAACAACCCACCCAC    150
##                       |||||||| |||| |||||
## S1               208 GAAACTAACGACCCGCCCAC    227
## 
## P1               151 CCAACCTCACATAAACACAA    170
##                      || ||||| ||||||| | |
## S1               228 CCGACCTCGCATAAACGCGA    247
## 
## P1               171 TAACCCTCTAACCTAAAATT    190
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               248 TAACCCTCTAACCTAAAATT    267
## 
## P1               191 ACTAAA    196
##                      ||||||
## S1               268 ACTAAA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Direction determination

Sequencing result #2 corresponds to reverse direction

Forward

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from forward sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence.

Alignment

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Aligned sequences

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Reverse

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from reverse sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence.

Alignment

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Sat Jun  4 11:19:24 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 146
## # Identity:     133/146 (91.1%)
## # Similarity:    NA/146 (NA%)
## # Gaps:           0/146 (0.0%)
## # Score: 186.8826
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                51 ACCACCCCCCATACCACTAA     70
##                      ||| |||||| |||| ||||
## S1               128 ACCGCCCCCCGTACCGCTAA    147
## 
## P1                71 TTAACTAAAAATTCACCTAC     90
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               148 TTAACTAAAAATTCACCTAC    167
## 
## P1                91 CAACCACAACCAATCAACAA    110
##                      | ||||||||||||||||||
## S1               168 CGACCACAACCAATCAACAA    187
## 
## P1               111 CACAAACCCCTCCCCAAAAC    130
##                      | | ||||||||||||||||
## S1               188 CGCGAACCCCTCCCCAAAAC    207
## 
## P1               131 AAAACTAACAACCCACCCAC    150
##                       |||||||| |||| |||||
## S1               208 GAAACTAACGACCCGCCCAC    227
## 
## P1               151 CCAACCTCACATAAACACAA    170
##                      || ||||| ||||||| | |
## S1               228 CCGACCTCGCATAAACGCGA    247
## 
## P1               171 TAACCCTCTAACCTAAAATT    190
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               248 TAACCCTCTAACCTAAAATT    267
## 
## P1               191 ACTAAA    196
##                      ||||||
## S1               268 ACTAAA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Aligned sequences

Aligned sequence from reverse sequencing result (Pattern P1):

Length: 146 bp

## ACCACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Aligned sequence from bisulfite converted reference DNA antisense sequence (Subject S1):

Length: 146 bp

## ACCGCCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Quality control

Summary

Thresholds	Values
Minimum length of the aligned sequence :	30 bp
Minimum identity percentage of alignment :	75 %
Minimum of bisulfite conversion rate mean :	0.9

Direction	Sequencing	Length	Identity	Mismatch	Indel in DNA reference	Indel in sequencing	Mean of conversion rates	SD of conversion rates	Quality Result
Reverse	#2	146	91.1	13	0	0	1	0.02	Correct

Forward sequencing result could have not been trimmed due to poor quality.

Mismatch positions

Forward

Reverse

Positions in trimmed sequencing result	Nucleotides in trimmed sequencing result	Positions in reference DNA sequence	Nucleotides in reference DNA sequence
54	A	131	G
61	A	138	G
66	A	143	G
92	A	169	G
112	A	189	G
114	A	191	G
131	A	208	G
140	A	217	G
145	A	222	G
153	A	230	G
159	A	236	G
167	A	244	G
169	A	246	G

Insertions/deletions

Forward

Reverse

No insertions/deletions in reverse alignment.

Conversion rates

Combined

C number	Bisulfite conversion rate Reverse
50	1.00
49	1.00
48	1.00
47	1.00
46	1.00
45	1.00
44	1.00
43	1.00
42	0.99
41	1.00
40	1.00
39	1.00
38	0.93
37	1.00
36	1.00
35	1.00
34	1.00
33	1.00
32	1.00
31	0.92
30	1.00
29	1.00
28	1.00
27	1.00
26	1.00
25	1.00
24	1.00
23	1.00
22	1.00
21	1.00
20	1.00
19	1.00

Forward

Reverse

C number	Position in reference DNA	Position in sequencing result (trimmed)	Position in sequencing result (raw)	A peak	T peak	G peak	C peak	Bisulfite conversion rate
50	146	69	75	449	88	0	0	1.00
49	150	73	79	458	215	0	0	1.00
48	151	74	80	385	0	0	0	1.00
47	154	77	83	422	52	0	0	1.00
46	156	79	85	369	0	0	0	1.00
45	157	80	86	482	0	0	0	1.00
44	158	81	87	384	0	0	0	1.00
43	166	89	95	461	0	0	2	1.00
42	170	93	99	187	0	2	2	0.99
41	176	99	105	369	0	0	2	1.00
40	184	107	113	226	2	0	0	1.00
39	187	110	116	392	0	0	2	1.00
38	192	115	121	182	0	13	0	0.93
37	204	127	133	422	0	0	0	1.00
36	205	128	134	528	0	0	0	1.00
35	206	129	135	253	0	0	0	1.00
34	209	132	138	223	0	0	0	1.00
33	211	134	140	449	0	0	0	1.00
32	214	137	143	517	175	0	0	1.00
31	218	141	147	369	0	32	3	0.92
30	231	154	160	323	0	1	8	1.00
29	241	164	170	442	0	0	0	1.00
28	247	170	176	345	83	0	0	1.00
27	249	172	178	564	12	0	0	1.00
26	258	181	187	415	0	0	2	1.00
25	262	185	191	488	14	0	0	1.00
24	263	186	192	394	0	0	0	1.00
23	265	188	194	413	87	0	0	1.00
22	268	191	197	462	216	0	2	1.00
21	272	195	201	436	0	0	0	1.00
20	273	196	202	307	0	0	88	1.00
19	274	197	203	1	0	0	502	1.00

Maximum aligned sequence

The maximum aligned sequence corresponds to the maximum sequence covered by at least one correct sequencing.

Length of max aligned sequence : 147 bp
Coordinates of max aligned sequence : chr16:68771007-68771153

Maximum aligned sequence (on bisulfite converted sense sequence from the plus strand sequence) :

## TTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGGCGGT

Methylation

Combined

CG number	Chromosome	Start	End	Methylation Percentage Forward	Methylation Percentage Reverse	Methylation Percentage Average	Methylation Percentage SD
17	chr16	68771150	68771151	NA	1.98	1.98	NA
16	chr16	68771143	68771144	NA	1.69	1.69	NA
15	chr16	68771138	68771139	NA	0.00	0.00	NA
14	chr16	68771112	68771113	NA	0.00	0.00	NA
13	chr16	68771092	68771093	NA	0.00	0.00	NA
12	chr16	68771090	68771091	NA	0.00	0.00	NA
11	chr16	68771073	68771074	NA	0.00	0.00	NA
10	chr16	68771064	68771065	NA	6.00	6.00	NA
9	chr16	68771059	68771060	NA	0.00	0.00	NA
8	chr16	68771051	68771052	NA	0.00	0.00	NA
7	chr16	68771045	68771046	NA	0.00	0.00	NA
6	chr16	68771037	68771038	NA	0.00	0.00	NA
5	chr16	68771035	68771036	NA	0.00	0.00	NA

Forward

Warning: No sequencing data from foward direction sequencing.

Reverse

CG number	Chromosome	Start	End	G position in reference DNA	G position in sequencing result (trimmed)	G position in sequencing result (raw)	A peak	T peak	G peak	C peak	Methylation Percentage
17	chr16	68771150	68771151	131	54	60	99	0	2	0	1.98
16	chr16	68771143	68771144	138	61	67	232	0	4	0	1.69
15	chr16	68771138	68771139	143	66	72	232	0	0	134	0.00
14	chr16	68771112	68771113	169	92	98	300	0	0	0	0.00
13	chr16	68771092	68771093	189	112	118	271	0	0	142	0.00
12	chr16	68771090	68771091	191	114	120	304	0	0	48	0.00
11	chr16	68771073	68771074	208	131	137	348	0	0	1	0.00
10	chr16	68771064	68771065	217	140	146	392	0	25	2	6.00
9	chr16	68771059	68771060	222	145	151	276	0	0	213	0.00
8	chr16	68771051	68771052	230	153	159	306	0	0	102	0.00
7	chr16	68771045	68771046	236	159	165	271	0	0	186	0.00
6	chr16	68771037	68771038	244	167	173	386	0	0	263	0.00
5	chr16	68771035	68771036	246	169	175	270	0	0	28	0.00

Individual methylation plot

Output data

Directories

Files

alignments

CDH1_Low methylated DNA_1_aligned_DNAref_R.fasta

CDH1_Low methylated DNA_1_aligned_max_seq.fasta

CDH1_Low methylated DNA_1_aligned_seqresult_R.fasta

CDH1_Low methylated DNA_1_alignment_R.pair

chromatograms

CDH1_Low methylated DNA_1_chromatogram_1.pdf

CDH1_Low methylated DNA_1_chromatogram_2.pdf

CDH1_Low methylated DNA_1_chromatogram_trimmed_2.pdf

data

CDH1_Low methylated DNA_1_methdata.csv

plots

CDH1_Low methylated DNA_1_plot.png

legend_bases.png

legend_methylation_gradient.png

sequences

CDH1_BS_antisense.fasta

CDH1_BS_sense.fasta

CDH1_minus.fasta

CDH1_plus.fasta

tables

CDH1_Low methylated DNA_1_bisconv_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_1_bisconv_table.png

CDH1_Low methylated DNA_1_bisconv_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_1_meth_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_1_meth_table.png

CDH1_Low methylated DNA_1_meth_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_1_QC.png

CDH1_Low methylated DNA_1_QC_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_1_QC_table.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_1_seqtable_1.csv

CDH1_Low methylated DNA_1_seqtable_1.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_1_seqtable_2.csv

CDH1_Low methylated DNA_1_seqtable_2.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_1_seqtable_trimmed_2.csv

CDH1_Low methylated DNA_1_seqtable_trimmed_2.xlsx

CDH1_Low methylated DNA_1_trimmedseq.png

CDH1_Low methylated DNA_1_trimmedseq_table.csv

CDH1_Low methylated DNA_1_trimmedseq_table.xlsx

Methylation data file preview

CG_nb	chromosome	start	end	meth_F	meth_R	meth_avg	meth_sd	collection	group	rep	clone	alg_coord_start	alg_coord_end
17	chr16	68771150	68771151	NA	1.98	1.98	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
16	chr16	68771143	68771144	NA	1.69	1.69	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
15	chr16	68771138	68771139	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
14	chr16	68771112	68771113	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
13	chr16	68771092	68771093	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
12	chr16	68771090	68771091	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
11	chr16	68771073	68771074	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
10	chr16	68771064	68771065	NA	6.00	6.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
9	chr16	68771059	68771060	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
8	chr16	68771051	68771052	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
7	chr16	68771045	68771046	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
6	chr16	68771037	68771038	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153
5	chr16	68771035	68771036	NA	0.00	0.00	NA		Low methylated DNA	1	NA	68771007	68771153