Parameters Input values
Folder name : Example data
Sequence name : CDH1
Group : Low methylated DNA
Experiment type : Direct-BSP
Replicate number : 1
Date of sequencing #1 : 2022-05-02
Date of sequencing #2 : 2022-05-02
Date of analysis : 2022-06-04 11:19
Prefix of output files : CDH1_Low methylated DNA_1

Reference DNA

Reference DNA sequence

Reference DNA sequence information Input values
Name CDH1
Strand used for primer design Plus strand
Length 341 pb
Coordinates on reference genome chr16:68770940-68771280

Genomic DNA Sequence from plus strand (template strand):

## CCACCGGCGGGGCTGGGATTCGAACCCAGTGGAATCAGAACCGTGCAGGTCCCATAACCCACCTAGACCCTAGCAACTCCAGGCTAGAGGGTCACCGCGTCTATGCGAGGCCGGGTGGGCGGGCCGTCAGCTCCGCCCTGGGGAGGGGTCCGCGCTGCTGATTGGCTGTGGCCGGCAGGTGAACCCTCAGCCAATCAGCGGTACGGGGGGCGGTGCCTCCGGGGCTCACCTGGCTGCAGCCACGCACCCCCTCTCAGTGGCGTCGGAACTGCAAAGCACCTGTGAGCTTGCGGAAGTCAGTTCAGACTCCAGCCCGCTCCAGCCCGGCCCGACCCGACCGC

Genomic DNA Sequence from minus strand (not used):

## GCGGTCGGGTCGGGCCGGGCTGGAGCGGGCTGGAGTCTGAACTGACTTCCGCAAGCTCACAGGTGCTTTGCAGTTCCGACGCCACTGAGAGGGGGTGCGTGGCTGCAGCCAGGTGAGCCCCGGAGGCACCGCCCCCCGTACCGCTGATTGGCTGAGGGTTCACCTGCCGGCCACAGCCAATCAGCAGCGCGGACCCCTCCCCAGGGCGGAGCTGACGGCCCGCCCACCCGGCCTCGCATAGACGCGGTGACCCTCTAGCCTGGAGTTGCTAGGGTCTAGGTGGGTTATGGGACCTGCACGGTTCTGATTCCACTGGGTTCGAATCCCAGCCCCGCCGGTGG

Localization of CG dinucleotides

CG positions on plus strand

CG number chr start end C position G position
1 chr16 68770944 68770945 5 6
2 chr16 68770947 68770948 8 9
3 chr16 68770960 68770961 21 22
4 chr16 68770981 68770982 42 43
5 chr16 68771035 68771036 96 97
6 chr16 68771037 68771038 98 99
7 chr16 68771045 68771046 106 107
8 chr16 68771051 68771052 112 113
9 chr16 68771059 68771060 120 121
10 chr16 68771064 68771065 125 126
11 chr16 68771073 68771074 134 135
12 chr16 68771090 68771091 151 152
13 chr16 68771092 68771093 153 154
14 chr16 68771112 68771113 173 174
15 chr16 68771138 68771139 199 200
16 chr16 68771143 68771144 204 205
17 chr16 68771150 68771151 211 212
18 chr16 68771159 68771160 220 221
19 chr16 68771182 68771183 243 244
20 chr16 68771200 68771201 261 262
21 chr16 68771203 68771204 264 265
22 chr16 68771230 68771231 291 292
23 chr16 68771254 68771255 315 316
24 chr16 68771264 68771265 325 326
25 chr16 68771269 68771270 330 331
26 chr16 68771274 68771275 335 336
27 chr16 68771278 68771279 339 340

CG positions on minus strand

CG number chr start end C position G position
27 chr16 68771278 68771279 2 3
26 chr16 68771274 68771275 6 7
25 chr16 68771269 68771270 11 12
24 chr16 68771264 68771265 16 17
23 chr16 68771254 68771255 26 27
22 chr16 68771230 68771231 50 51
21 chr16 68771203 68771204 77 78
20 chr16 68771200 68771201 80 81
19 chr16 68771182 68771183 98 99
18 chr16 68771159 68771160 121 122
17 chr16 68771150 68771151 130 131
16 chr16 68771143 68771144 137 138
15 chr16 68771138 68771139 142 143
14 chr16 68771112 68771113 168 169
13 chr16 68771092 68771093 188 189
12 chr16 68771090 68771091 190 191
11 chr16 68771073 68771074 207 208
10 chr16 68771064 68771065 216 217
9 chr16 68771059 68771060 221 222
8 chr16 68771051 68771052 229 230
7 chr16 68771045 68771046 235 236
6 chr16 68771037 68771038 243 244
5 chr16 68771035 68771036 245 246
4 chr16 68770981 68770982 299 300
3 chr16 68770960 68770961 320 321
2 chr16 68770947 68770948 333 334
1 chr16 68770944 68770945 336 337

Bisulfite converted sequences

Converted sequence sense (template strand)

Bisulfite converted sequence of the plus strand as indicated as the template strand.

## TTATCGGCGGGGTTGGGATTCGAATTTAGTGGAATTAGAATCGTGTAGGTTTTATAATTTATTTAGATTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGGCGGTGTTTTCGGGGTTTATTTGGTTGTAGTTACGTATTTTTTTTTAGTGGCGTCGGAATTGTAAAGTATTTGTGAGTTTGCGGAAGTTAGTTTAGATTTTAGTTCGTTTTAGTTCGGTTCGATTCGATCGT

Converted sequence antisense (reverse complement)

Reverse complement of the bisulfite converted sequence from the plus strand.

## ACGATCGAATCGAACCGAACTAAAACGAACTAAAATCTAAACTAACTTCCGCAAACTCACAAATACTTTACAATTCCGACGCCACTAAAAAAAAATACGTAACTACAACCAAATAAACCCCGAAAACACCGCCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAAATCTAAATAAATTATAAAACCTACACGATTCTAATTCCACTAAATTCGAATCCCAACCCCGCCGATAA

Sequencing trimming

Summary

Thresholds Values
Minimum length of the trimmed sequence : 30 bp
Minimum Phred quality score : 30
Minimum ratio of primary peak : 0.75
Minimum percentage of non-mixed positions : 75 %
Sequencing Length Start position End position Mean of Phred quality scores Mean of primary peak ratio Percentage of non-mixed positions Trimmed sequence quality
#1 170 30 199 24.22 0.82 69.41 Incorrect
#2 203 7 209 44.82 0.94 92.12 Correct

Sequencing result #1

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 1073 bp

## TCCCCTTCAGGGGTAGTATTTGGTTAAGGGTTTTGAGTATTGTGCGTATTTGTGAGTTTCCTCGACTGTGCCTTCTAAGACGGGAGGTTGCCCATTGTTGGTTGATGTAGTGAACTGCGGGCGCTTGTTCAGCGTCGACCTTATCGTCATCATCAGGCCTTTGGGGGTCCGGAGACGCGTGTTTCAGTTTCTTTGTGTTGTTACGTCTCCCACATATAATCTACTCTGTTATGCATTCTGTCTGTTTTAGTTTCATTGTGTTGTTACGTATGGTTCGGGTACTTTTATGANCGAACTATCTTATAAATACGTATACCTAGACTTGTTTAACATTTATATATTTCCGTACAAGACGTTTTGTTAGGATATTGGATGCTCGAGCACGGGATTATCTCNTGANCTTGTCACAGCAGAATATGAGTACTATGCAAGTNGTCTTTATTTATTTACTACTTCANTTCATTTTCGATANCTTTGACAGCATTTAAGTGTTTTTCGCTGCCATACTACTACCTATGACGTCCGACATATCGTTGCAGTTCATCGCTCCGCCAATATCNGCTNTGTGTCCATGACCTCTCGATAATTATCGGTTTCATACCTTCGCTCGGAGCAGGTGGTGAGTATAAGATACGTGCTATCGTAACCGGGATGTAGCAGTGAAGATGTGTAGAATATGATCAAGTNGTATGGTAGCTATATTAGTGCGACTATTCAATAGGGTACGTCGGATCACGTTAGTTGAAAGGTGTCTACTGCCCTCAATACAGTCTGTTTTNACGGTAANTGTTGGTTTTTATTTCACTGGCTCCAGATGAGTGATCATTCGATACTCGCTGGGTAATTAAGGCACCTGAACGGTATATAGATCGTTTAGTGCCGGGGTTTTATGATTCCTAACGCGTGAATTTATGCCNATTGGACATGAGNAAATGCATNAGGCCTTACTACNCTGGGGTCCCTTTTTCATTATAANGCCCGGAATGAGCNTAAGTNGGGTCTAAGAATTATATTTCCTTTACTCCNNNTGTTAAACACCTNACCTTTTTTTCCTTCTTTAAANATATTCTTTA
Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
1 0 622 0 0 622 0.00 1.00 0.00 0.00 T 13 1.00
2 0 0 0 4 4 0.00 0.00 0.00 1.00 C 6 1.00
3 0 0 0 36 36 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
4 11 0 0 33 44 0.25 0.00 0.00 0.75 C 11 0.75
5 0 0 0 46 46 0.00 0.00 0.00 1.00 C 19 1.00
6 0 122 0 10 132 0.00 0.92 0.00 0.08 T 14 0.92
7 0 241 0 10 251 0.00 0.96 0.00 0.04 T 13 0.96
8 0 0 0 78 78 0.00 0.00 0.00 1.00 C 9 1.00
9 172 0 0 0 172 1.00 0.00 0.00 0.00 A 13 1.00
10 0 0 2314 0 2314 0.00 0.00 1.00 0.00 G 13 1.00
11 0 0 3541 0 3541 0.00 0.00 1.00 0.00 G 13 1.00
12 0 0 2027 0 2027 0.00 0.00 1.00 0.00 G 13 1.00
13 0 0 1706 0 1706 0.00 0.00 1.00 0.00 G 14 1.00
14 0 233 0 0 233 0.00 1.00 0.00 0.00 T 3 1.00
15 1 0 0 0 1 1.00 0.00 0.00 0.00 A 7 1.00
16 0 0 4 0 4 0.00 0.00 1.00 0.00 G 6 1.00
17 0 32766 9208 0 41974 0.00 0.78 0.22 0.00 T 8 0.78
18 32766 32766 50 0 65582 0.50 0.50 0.00 0.00 A 8 0.50
19 0 32766 0 0 32766 0.00 1.00 0.00 0.00 T 15 1.00
20 136 32766 0 0 32902 0.00 1.00 0.00 0.00 T 20 1.00
21 21374 32766 28 0 54168 0.39 0.60 0.00 0.00 T 12 0.60
22 0 0 32766 0 32766 0.00 0.00 1.00 0.00 G 20 1.00
23 48 70 32766 0 32884 0.00 0.00 1.00 0.00 G 30 1.00
24 0 32766 0 0 32766 0.00 1.00 0.00 0.00 T 20 1.00
25 0 32766 0 0 32766 0.00 1.00 0.00 0.00 T 17 1.00
26 18545 0 8965 0 27510 0.67 0.00 0.33 0.00 A 10 0.67
27 18445 22 0 0 18467 1.00 0.00 0.00 0.00 A 10 1.00
28 0 0 32766 0 32766 0.00 0.00 1.00 0.00 G 25 1.00
29 54 0 32766 0 32820 0.00 0.00 1.00 0.00 G 25 1.00
30 0 17 23379 0 23396 0.00 0.00 1.00 0.00 G 36 1.00
31 11 13839 14 0 13864 0.00 1.00 0.00 0.00 T 20 1.00
32 8642 9827 0 0 18469 0.47 0.53 0.00 0.00 T 17 0.53
33 0 11418 13 0 11431 0.00 1.00 0.00 0.00 T 19 1.00
34 26 14249 0 0 14275 0.00 1.00 0.00 0.00 T 28 1.00
35 0 13 22661 0 22674 0.00 0.00 1.00 0.00 G 14 1.00
36 319 13 0 0 332 0.96 0.04 0.00 0.00 A 5 0.96
37 0 0 5996 0 5996 0.00 0.00 1.00 0.00 G 5 1.00
38 0 4 0 0 4 0.00 1.00 0.00 0.00 T 26 1.00
39 6605 0 5 0 6610 1.00 0.00 0.00 0.00 A 25 1.00
40 0 6596 0 0 6596 0.00 1.00 0.00 0.00 T 35 1.00
41 7 7367 8 0 7382 0.00 1.00 0.00 0.00 T 40 1.00
42 464 0 9806 0 10270 0.05 0.00 0.95 0.00 G 40 0.95
43 0 3261 0 0 3261 0.00 1.00 0.00 0.00 T 21 1.00
44 2645 5 2821 0 5471 0.48 0.00 0.52 0.00 G 10 0.52
45 0 0 0 228 228 0.00 0.00 0.00 1.00 C 10 1.00
46 0 7 5190 4 5201 0.00 0.00 1.00 0.00 G 21 1.00
47 0 1188 0 0 1188 0.00 1.00 0.00 0.00 T 19 1.00
48 2992 0 143 0 3135 0.95 0.00 0.05 0.00 A 20 0.95
49 0 1843 1064 0 2907 0.00 0.63 0.37 0.00 T 8 0.63
50 47 3353 7 0 3407 0.01 0.98 0.00 0.00 T 20 0.98
51 0 2611 0 0 2611 0.00 1.00 0.00 0.00 T 42 1.00
52 0 12 6569 0 6581 0.00 0.00 1.00 0.00 G 39 1.00
53 0 987 0 37 1024 0.00 0.96 0.00 0.04 T 38 0.96
54 0 4 4037 25 4066 0.00 0.00 0.99 0.01 G 28 0.99
55 1193 17 0 22 1232 0.97 0.01 0.00 0.02 A 26 0.97
56 0 6 2017 17 2040 0.00 0.00 0.99 0.01 G 26 0.99
57 1 1477 412 46 1936 0.00 0.76 0.21 0.02 T 39 0.76
58 0 1158 0 267 1425 0.00 0.81 0.00 0.19 T 42 0.81
59 0 1755 0 0 1755 0.00 1.00 0.00 0.00 T 40 1.00
60 0 3 403 2002 2408 0.00 0.00 0.17 0.83 C 28 0.83
61 0 2 359 1322 1683 0.00 0.00 0.21 0.79 C 29 0.79
62 0 1653 3 0 1656 0.00 1.00 0.00 0.00 T 41 1.00
63 0 0 2 3086 3088 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
64 0 112 999 0 1111 0.00 0.10 0.90 0.00 G 28 0.90
65 894 351 0 0 1245 0.72 0.28 0.00 0.00 A 24 0.72
66 3 873 0 1788 2664 0.00 0.33 0.00 0.67 C 14 0.67
67 0 2738 5 3 2746 0.00 1.00 0.00 0.00 T 36 1.00
68 0 9 3023 95 3127 0.00 0.00 0.97 0.03 G 41 0.97
69 0 1444 7 0 1451 0.00 1.00 0.00 0.00 T 36 1.00
70 0 2 2751 0 2753 0.00 0.00 1.00 0.00 G 36 1.00
71 0 0 8 1757 1765 0.00 0.00 0.00 1.00 C 40 1.00
72 0 3 0 3079 3082 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
73 1 1025 0 0 1026 0.00 1.00 0.00 0.00 T 45 1.00
74 0 1565 0 0 1565 0.00 1.00 0.00 0.00 T 45 1.00
75 0 7 58 2794 2859 0.00 0.00 0.02 0.98 C 41 0.98
76 0 900 0 0 900 0.00 1.00 0.00 0.00 T 36 1.00
77 4417 3 0 0 4420 1.00 0.00 0.00 0.00 A 36 1.00
78 3514 0 0 0 3514 1.00 0.00 0.00 0.00 A 31 1.00
79 0 0 548 0 548 0.00 0.00 1.00 0.00 G 21 1.00
80 2701 0 134 0 2835 0.95 0.00 0.05 0.00 A 20 0.95
81 0 0 0 618 618 0.00 0.00 0.00 1.00 C 3 1.00
82 0 0 53 0 53 0.00 0.00 1.00 0.00 G 3 1.00
83 327 0 521 0 848 0.39 0.00 0.61 0.00 G 6 0.61
84 126 0 761 0 887 0.14 0.00 0.86 0.00 G 11 0.86
85 708 0 181 0 889 0.80 0.00 0.20 0.00 A 17 0.80
86 15 251 448 0 714 0.02 0.35 0.63 0.00 G 8 0.63
87 6 467 511 0 984 0.01 0.47 0.52 0.00 G 8 0.52
88 5 634 226 0 865 0.01 0.73 0.26 0.00 T 12 0.73
89 0 1035 0 0 1035 0.00 1.00 0.00 0.00 T 16 1.00
90 0 171 505 0 676 0.00 0.25 0.75 0.00 G 9 0.75
91 0 3 2 2550 2555 0.00 0.00 0.00 1.00 C 17 1.00
92 0 611 0 1691 2302 0.00 0.27 0.00 0.73 C 21 0.73
93 1 0 0 1320 1321 0.00 0.00 0.00 1.00 C 3 1.00
94 438 0 399 0 837 0.52 0.00 0.48 0.00 A 6 0.52
95 428 769 2 289 1488 0.29 0.52 0.00 0.19 T 8 0.52
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254 0 0 0 466 466 0.00 0.00 0.00 1.00 C 16 1.00
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400 198 115 121 54 488 0.41 0.24 0.25 0.11 N 20 0.41
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410 0 81 307 56 444 0.00 0.18 0.69 0.13 G 32 0.69
411 0 114 0 199 313 0.00 0.36 0.00 0.64 C 31 0.64
412 157 87 0 55 299 0.53 0.29 0.00 0.18 A 28 0.53
413 0 0 225 74 299 0.00 0.00 0.75 0.25 G 32 0.75
414 270 15 40 74 399 0.68 0.04 0.10 0.19 A 31 0.68
415 247 0 111 41 399 0.62 0.00 0.28 0.10 A 27 0.62
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417 420 0 0 0 420 1.00 0.00 0.00 0.00 A 27 1.00
418 99 221 25 50 395 0.25 0.56 0.06 0.13 T 31 0.56
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420 212 8 0 35 255 0.83 0.03 0.00 0.14 A 34 0.83
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555 194 0 43 32 269 0.72 0.00 0.16 0.12 A 30 0.72
556 0 266 0 12 278 0.00 0.96 0.00 0.04 T 31 0.96
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559 0 0 0 136 136 0.00 0.00 0.00 1.00 C 10 1.00
560 82 24 68 70 244 0.34 0.10 0.28 0.29 N 11 0.34
561 59 81 112 0 252 0.23 0.32 0.44 0.00 G 11 0.44
562 0 28 0 134 162 0.00 0.17 0.00 0.83 C 21 0.83
563 59 169 78 0 306 0.19 0.55 0.25 0.00 T 33 0.55
564 46 70 156 63 335 0.14 0.21 0.47 0.19 N 22 0.47
565 0 148 0 74 222 0.00 0.67 0.00 0.33 T 18 0.67
566 24 0 171 21 216 0.11 0.00 0.79 0.10 G 23 0.79
567 91 274 63 24 452 0.20 0.61 0.14 0.05 T 34 0.61
568 30 0 210 52 292 0.10 0.00 0.72 0.18 G 34 0.72
569 53 213 0 0 266 0.20 0.80 0.00 0.00 T 30 0.80
570 63 0 0 166 229 0.28 0.00 0.00 0.72 C 30 0.72
571 74 60 21 188 343 0.22 0.17 0.06 0.55 C 17 0.55
572 62 0 15 0 77 0.81 0.00 0.19 0.00 A 25 0.81
573 35 198 7 43 283 0.12 0.70 0.02 0.15 T 22 0.70
574 0 0 224 4 228 0.00 0.00 0.98 0.02 G 26 0.98
575 162 25 0 0 187 0.87 0.13 0.00 0.00 A 30 0.87
576 0 0 59 224 283 0.00 0.00 0.21 0.79 C 32 0.79
577 0 54 0 211 265 0.00 0.20 0.00 0.80 C 36 0.80
578 69 202 0 0 271 0.25 0.75 0.00 0.00 T 34 0.75
579 0 0 59 188 247 0.00 0.00 0.24 0.76 C 34 0.76
580 28 173 0 0 201 0.14 0.86 0.00 0.00 T 37 0.86
581 0 0 0 148 148 0.00 0.00 0.00 1.00 C 28 1.00
582 0 0 187 119 306 0.00 0.00 0.61 0.39 G 12 0.61
583 123 0 0 22 145 0.85 0.00 0.00 0.15 A 17 0.85
584 78 190 25 75 368 0.21 0.52 0.07 0.20 T 22 0.52
585 181 0 32 39 252 0.72 0.00 0.13 0.15 A 35 0.72
586 235 70 36 19 360 0.65 0.19 0.10 0.05 A 28 0.65
587 0 162 69 61 292 0.00 0.55 0.24 0.21 T 22 0.55
588 0 262 0 0 262 0.00 1.00 0.00 0.00 T 26 1.00
589 240 0 44 88 372 0.65 0.00 0.12 0.24 A 12 0.65
590 0 152 95 0 247 0.00 0.62 0.38 0.00 T 7 0.62
591 23 0 0 98 121 0.19 0.00 0.00 0.81 C 7 0.81
592 9 41 184 0 234 0.04 0.18 0.79 0.00 G 15 0.79
593 170 0 184 21 375 0.45 0.00 0.49 0.06 G 17 0.49
594 122 216 26 54 418 0.29 0.52 0.06 0.13 T 8 0.52
595 0 298 11 29 338 0.00 0.88 0.03 0.09 T 27 0.88
596 142 358 5 7 512 0.28 0.70 0.01 0.01 T 33 0.70
597 0 0 0 136 136 0.00 0.00 0.00 1.00 C 32 1.00
598 108 0 106 0 214 0.50 0.00 0.50 0.00 A 16 0.50
599 0 200 0 93 293 0.00 0.68 0.00 0.32 T 16 0.68
600 262 0 0 0 262 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
601 0 75 94 100 269 0.00 0.28 0.35 0.37 C 27 0.37
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603 134 141 17 73 365 0.37 0.39 0.05 0.20 T 24 0.39
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607 0 0 0 98 98 0.00 0.00 0.00 1.00 C 34 1.00
608 64 244 49 0 357 0.18 0.68 0.14 0.00 T 31 0.68
609 48 0 48 160 256 0.19 0.00 0.19 0.62 C 30 0.62
610 18 140 182 84 424 0.04 0.33 0.43 0.20 G 19 0.43
611 0 0 116 47 163 0.00 0.00 0.71 0.29 G 21 0.71
612 201 99 0 56 356 0.56 0.28 0.00 0.16 A 26 0.56
613 0 18 211 0 229 0.00 0.08 0.92 0.00 G 26 0.92
614 0 0 0 78 78 0.00 0.00 0.00 1.00 C 27 1.00
615 273 0 140 0 413 0.66 0.00 0.34 0.00 A 16 0.66
616 0 0 117 21 138 0.00 0.00 0.85 0.15 G 12 0.85
617 0 0 117 0 117 0.00 0.00 1.00 0.00 G 8 1.00
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619 45 59 254 63 421 0.11 0.14 0.60 0.15 G 13 0.60
620 67 40 135 0 242 0.28 0.17 0.56 0.00 G 10 0.56
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622 20 16 160 74 270 0.07 0.06 0.59 0.27 G 27 0.59
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624 6 0 220 21 247 0.02 0.00 0.89 0.09 G 27 0.89
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626 183 0 107 26 316 0.58 0.00 0.34 0.08 A 17 0.58
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628 95 20 33 0 148 0.64 0.14 0.22 0.00 A 16 0.64
629 175 5 62 0 242 0.72 0.02 0.26 0.00 A 17 0.72
630 0 46 92 47 185 0.00 0.25 0.50 0.25 G 11 0.50
631 183 0 0 0 183 1.00 0.00 0.00 0.00 A 21 1.00
632 0 178 0 36 214 0.00 0.83 0.00 0.17 T 27 0.83
633 198 33 57 40 328 0.60 0.10 0.17 0.12 A 27 0.60
634 0 33 0 124 157 0.00 0.21 0.00 0.79 C 22 0.79
635 58 61 115 0 234 0.25 0.26 0.49 0.00 G 28 0.49
636 43 233 0 46 322 0.13 0.72 0.00 0.14 T 21 0.72
637 15 0 91 0 106 0.14 0.00 0.86 0.00 G 7 0.86
638 60 0 86 190 336 0.18 0.00 0.26 0.57 C 15 0.57
639 0 310 60 6 376 0.00 0.82 0.16 0.02 T 7 0.82
640 230 0 57 0 287 0.80 0.00 0.20 0.00 A 21 0.80
641 114 251 0 40 405 0.28 0.62 0.00 0.10 T 31 0.62
642 82 0 0 134 216 0.38 0.00 0.00 0.62 C 27 0.62
643 86 0 143 0 229 0.38 0.00 0.62 0.00 G 21 0.62
644 0 114 30 111 255 0.00 0.45 0.12 0.44 T 11 0.45
645 144 15 61 67 287 0.50 0.05 0.21 0.23 A 11 0.50
646 193 4 15 0 212 0.91 0.02 0.07 0.00 A 26 0.91
647 0 76 0 207 283 0.00 0.27 0.00 0.73 C 22 0.73
648 143 113 1 144 401 0.36 0.28 0.00 0.36 C 18 0.36
649 31 5 177 106 319 0.10 0.02 0.55 0.33 G 23 0.55
650 63 0 196 0 259 0.24 0.00 0.76 0.00 G 28 0.76
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653 116 141 0 0 257 0.45 0.55 0.00 0.00 T 16 0.55
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658 0 45 0 126 171 0.00 0.26 0.00 0.74 C 19 0.74
659 165 57 0 71 293 0.56 0.19 0.00 0.24 A 25 0.56
660 0 0 161 85 246 0.00 0.00 0.65 0.35 G 27 0.65
661 44 100 0 72 216 0.20 0.46 0.00 0.33 T 17 0.46
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665 0 0 82 58 140 0.00 0.00 0.59 0.41 G 9 0.59
666 161 0 78 0 239 0.67 0.00 0.33 0.00 A 16 0.67
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668 0 0 278 69 347 0.00 0.00 0.80 0.20 G 17 0.80
669 6 157 0 0 163 0.04 0.96 0.00 0.00 T 31 0.96
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671 0 80 0 0 80 0.00 1.00 0.00 0.00 T 11 1.00
672 133 0 62 27 222 0.60 0.00 0.28 0.12 A 22 0.60
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675 167 0 5 50 222 0.75 0.00 0.02 0.23 A 22 0.75
676 168 179 5 12 364 0.46 0.49 0.01 0.03 T 21 0.49
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684 180 0 140 0 320 0.56 0.00 0.44 0.00 A 7 0.56
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686 114 158 0 0 272 0.42 0.58 0.00 0.00 T 22 0.58
687 166 54 73 90 383 0.43 0.14 0.19 0.23 N 18 0.43
688 0 0 100 60 160 0.00 0.00 0.62 0.38 G 26 0.62
689 0 165 0 22 187 0.00 0.88 0.00 0.12 T 26 0.88
690 259 0 111 0 370 0.70 0.00 0.30 0.00 A 20 0.70
691 0 250 0 6 256 0.00 0.98 0.00 0.02 T 28 0.98
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696 0 0 200 0 200 0.00 0.00 1.00 0.00 G 18 1.00
697 0 55 0 180 235 0.00 0.23 0.00 0.77 C 22 0.77
698 118 130 0 96 344 0.34 0.38 0.00 0.28 T 11 0.38
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700 0 190 37 46 273 0.00 0.70 0.14 0.17 T 21 0.70
701 212 0 9 0 221 0.96 0.00 0.04 0.00 A 31 0.96
702 92 162 23 64 341 0.27 0.48 0.07 0.19 T 19 0.48
703 45 179 23 31 278 0.16 0.64 0.08 0.11 T 21 0.64
704 13 0 0 0 13 1.00 0.00 0.00 0.00 A 14 1.00
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706 18 168 0 0 186 0.10 0.90 0.00 0.00 T 25 0.90
707 3 0 209 0 212 0.01 0.00 0.99 0.00 G 27 0.99
708 0 130 0 237 367 0.00 0.35 0.00 0.65 C 17 0.65
709 0 0 14 0 14 0.00 0.00 1.00 0.00 G 27 1.00
710 157 0 14 91 262 0.60 0.00 0.05 0.35 A 22 0.60
711 0 0 91 92 183 0.00 0.00 0.50 0.50 C 19 0.50
712 0 139 0 28 167 0.00 0.83 0.00 0.17 T 17 0.83
713 181 0 111 62 354 0.51 0.00 0.31 0.18 A 14 0.51
714 24 216 0 65 305 0.08 0.71 0.00 0.21 T 22 0.71
715 0 286 0 66 352 0.00 0.81 0.00 0.19 T 31 0.81
716 0 0 0 38 38 0.00 0.00 0.00 1.00 C 26 1.00
717 137 0 111 43 291 0.47 0.00 0.38 0.15 A 20 0.47
718 150 24 0 22 196 0.77 0.12 0.00 0.11 A 23 0.77
719 0 125 49 53 227 0.00 0.55 0.22 0.23 T 34 0.55
720 195 31 76 19 321 0.61 0.10 0.24 0.06 A 30 0.61
721 0 0 160 71 231 0.00 0.00 0.69 0.31 G 30 0.69
722 10 0 142 47 199 0.05 0.00 0.71 0.24 G 30 0.71
723 2 54 222 37 315 0.01 0.17 0.70 0.12 G 21 0.70
724 0 42 0 0 42 0.00 1.00 0.00 0.00 T 16 1.00
725 131 0 42 111 284 0.46 0.00 0.15 0.39 A 8 0.46
726 131 30 15 137 313 0.42 0.10 0.05 0.44 C 15 0.44
727 41 0 45 0 86 0.48 0.00 0.52 0.00 G 21 0.52
728 0 379 40 21 440 0.00 0.86 0.09 0.05 T 24 0.86
729 81 0 0 154 235 0.34 0.00 0.00 0.66 C 20 0.66
730 0 14 139 0 153 0.00 0.09 0.91 0.00 G 16 0.91
731 112 82 117 0 311 0.36 0.26 0.38 0.00 G 11 0.38
732 222 0 0 0 222 1.00 0.00 0.00 0.00 A 15 1.00
733 0 95 0 48 143 0.00 0.66 0.00 0.34 T 14 0.66
734 0 1 0 85 86 0.00 0.01 0.00 0.99 C 9 0.99
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736 0 40 0 56 96 0.00 0.42 0.00 0.58 C 26 0.58
737 45 0 163 53 261 0.17 0.00 0.62 0.20 G 26 0.62
738 28 232 0 28 288 0.10 0.81 0.00 0.10 T 29 0.81
739 0 252 0 0 252 0.00 1.00 0.00 0.00 T 25 1.00
740 13 0 0 0 13 1.00 0.00 0.00 0.00 A 22 1.00
741 22 90 137 93 342 0.06 0.26 0.40 0.27 G 10 0.40
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787 99 62 46 56 263 0.38 0.24 0.17 0.21 N 17 0.38
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800 0 166 8 0 174 0.00 0.95 0.05 0.00 T 17 0.95
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880 6 35 75 130 246 0.02 0.14 0.30 0.53 C 28 0.53
881 59 5 0 104 168 0.35 0.03 0.00 0.62 C 15 0.62
882 41 22 180 0 243 0.17 0.09 0.74 0.00 G 33 0.74
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891 0 201 0 57 258 0.00 0.78 0.00 0.22 T 11 0.78
892 0 0 3 0 3 0.00 0.00 1.00 0.00 G 21 1.00
893 217 0 19 45 281 0.77 0.00 0.07 0.16 A 11 0.77
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1029 0 80 0 0 80 0.00 1.00 0.00 0.00 T 7 1.00
1030 60 76 105 14 255 0.24 0.30 0.41 0.05 G 6 0.41
1031 90 120 64 6 280 0.32 0.43 0.23 0.02 T 12 0.43
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1035 99 0 61 51 211 0.47 0.00 0.29 0.24 A 10 0.47
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1039 0 21 0 156 177 0.00 0.12 0.00 0.88 C 8 0.88
1040 0 99 63 0 162 0.00 0.61 0.39 0.00 T 15 0.61
1041 102 117 63 78 360 0.28 0.32 0.17 0.22 N 7 0.32
1042 101 0 0 0 101 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
1043 0 79 0 155 234 0.00 0.34 0.00 0.66 C 8 0.66
1044 0 0 103 138 241 0.00 0.00 0.43 0.57 C 5 0.57
1045 0 128 91 96 315 0.00 0.41 0.29 0.30 T 15 0.41
1046 6 161 101 63 331 0.02 0.49 0.31 0.19 T 15 0.49
1047 0 131 50 62 243 0.00 0.54 0.21 0.26 T 12 0.54
1048 0 114 0 83 197 0.00 0.58 0.00 0.42 T 12 0.58
1049 99 178 46 0 323 0.31 0.55 0.14 0.00 T 14 0.55
1050 0 197 0 15 212 0.00 0.93 0.00 0.07 T 11 0.93
1051 104 196 21 0 321 0.32 0.61 0.07 0.00 T 10 0.61
1052 0 0 2 125 127 0.00 0.00 0.02 0.98 C 15 0.98
1053 110 62 9 148 329 0.33 0.19 0.03 0.45 C 12 0.45
1054 0 99 2 0 101 0.00 0.98 0.02 0.00 T 12 0.98
1055 41 143 3 112 299 0.14 0.48 0.01 0.37 T 16 0.48
1056 50 0 0 92 142 0.35 0.00 0.00 0.65 C 18 0.65
1057 53 244 0 37 334 0.16 0.73 0.00 0.11 T 16 0.73
1058 20 204 31 29 284 0.07 0.72 0.11 0.10 T 12 0.72
1059 101 209 45 0 355 0.28 0.59 0.13 0.00 T 7 0.59
1060 128 107 0 15 250 0.51 0.43 0.00 0.06 A 8 0.51
1061 96 0 46 0 142 0.68 0.00 0.32 0.00 A 9 0.68
1062 129 91 29 49 298 0.43 0.31 0.10 0.16 A 13 0.43
1063 88 76 46 48 258 0.34 0.29 0.18 0.19 N 8 0.34
1064 92 0 0 35 127 0.72 0.00 0.00 0.28 A 6 0.72
1065 0 133 2 25 160 0.00 0.83 0.01 0.16 T 8 0.83
1066 109 0 0 43 152 0.72 0.00 0.00 0.28 A 12 0.72
1067 0 177 17 0 194 0.00 0.91 0.09 0.00 T 16 0.91
1068 0 114 40 0 154 0.00 0.74 0.26 0.00 T 14 0.74
1069 67 0 0 75 142 0.47 0.00 0.00 0.53 C 7 0.53
1070 74 132 24 39 269 0.28 0.49 0.09 0.14 T 7 0.49
1071 0 154 0 39 193 0.00 0.80 0.00 0.20 T 10 0.80
1072 51 88 69 2 210 0.24 0.42 0.33 0.01 T 9 0.42
1073 89 82 80 0 251 0.35 0.33 0.32 0.00 A 9 0.35

Quality report

Trimming thresholds :

  • Trimming Method : M1
  • Minimum base error probability : 0.001 %
  • Minimum Phred quality score : 30
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 1073 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores : 20.76
Quality report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 169 bp
Trimmed sequence start position : 30
Trimmed sequence end position : 199
Mean of trimmed sequence Phred quality scores : 24.15

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

  • Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  • Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  • Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 1073 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios : 0.73
Percentage of non-mixed positions on raw sequence : 47.44 %
Mixed peak report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 975 bp
Trimmed sequence start position : 1
Trimmed sequence end position : 975
Mean of trimmed sequence primary peak ratios : 0.74
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence : 49.95 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Final trimmed sequence information Values
Length : 170 bp
Start position : 30
End position : 199
Mean of Phred quality scores : 24.22
Mean of primary peak ratio : 0.82
Percentage of non-mixed positions : 69.41 %
Chromatogram
Table

Sequencing result #2

Raw sequence

Sequence

Sequence of primary peaks:

Length: 225 bp

## CAATTAATTCCATACCCTCTAACCTAACTTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACCACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTAAT
Chromatogram

Open chromatogram file in a new tab

Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
1 0 0 0 1716 1716 0.00 0.00 0.00 1.00 C 14 1.00
2 1911 1317 0 0 3228 0.59 0.41 0.00 0.00 A 5 0.59
3 1244 0 0 872 2116 0.59 0.00 0.00 0.41 A 7 0.59
4 0 2071 0 0 2071 0.00 1.00 0.00 0.00 T 3 1.00
5 1362 2091 0 3 3456 0.39 0.61 0.00 0.00 T 6 0.61
6 1994 0 0 557 2551 0.78 0.00 0.00 0.22 A 6 0.78
7 1645 0 0 0 1645 1.00 0.00 0.00 0.00 A 40 1.00
8 0 1830 0 0 1830 0.00 1.00 0.00 0.00 T 47 1.00
9 0 2646 0 0 2646 0.00 1.00 0.00 0.00 T 37 1.00
10 2 0 0 1543 1545 0.00 0.00 0.00 1.00 C 37 1.00
11 0 0 0 1309 1309 0.00 0.00 0.00 1.00 C 42 1.00
12 1139 0 0 0 1139 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
13 0 943 0 137 1080 0.00 0.87 0.00 0.13 T 24 0.87
14 1234 0 0 0 1234 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
15 0 0 0 1252 1252 0.00 0.00 0.00 1.00 C 20 1.00
16 0 0 0 1457 1457 0.00 0.00 0.00 1.00 C 48 1.00
17 0 2 0 1231 1233 0.00 0.00 0.00 1.00 C 48 1.00
18 0 1898 0 0 1898 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
19 0 0 0 1203 1203 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
20 0 1083 0 0 1083 0.00 1.00 0.00 0.00 T 55 1.00
21 1292 0 0 0 1292 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
22 1076 0 0 0 1076 1.00 0.00 0.00 0.00 A 26 1.00
23 0 0 0 787 787 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
24 0 1 0 1050 1051 0.00 0.00 0.00 1.00 C 57 1.00
25 0 1118 0 1 1119 0.00 1.00 0.00 0.00 T 50 1.00
26 1301 0 0 0 1301 1.00 0.00 0.00 0.00 A 23 1.00
27 695 0 0 0 695 1.00 0.00 0.00 0.00 A 23 1.00
28 0 0 0 179 179 0.00 0.00 0.00 1.00 C 13 1.00
29 0 1656 0 1 1657 0.00 1.00 0.00 0.00 T 25 1.00
30 0 2480 0 0 2480 0.00 1.00 0.00 0.00 T 50 1.00
31 1317 2 0 1 1320 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
32 0 0 0 1038 1038 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
33 2 1195 0 72 1269 0.00 0.94 0.00 0.06 T 41 0.94
34 1002 609 0 0 1611 0.62 0.38 0.00 0.00 A 14 0.62
35 967 0 0 0 967 1.00 0.00 0.00 0.00 A 26 1.00
36 509 0 0 0 509 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
37 0 0 0 1061 1061 0.00 0.00 0.00 1.00 C 26 1.00
38 71 0 0 777 848 0.08 0.00 0.00 0.92 C 48 0.92
39 0 1 0 1521 1522 0.00 0.00 0.00 1.00 C 47 1.00
40 0 1695 0 121 1816 0.00 0.93 0.00 0.07 T 44 0.93
41 11 2209 0 0 2220 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
42 85 1566 0 0 1651 0.05 0.95 0.00 0.00 T 28 0.95
43 1103 0 0 0 1103 1.00 0.00 0.00 0.00 A 31 1.00
44 0 222 1015 0 1237 0.00 0.18 0.82 0.00 G 31 0.82
45 83 1011 0 0 1094 0.08 0.92 0.00 0.00 T 47 0.92
46 0 3 1003 0 1006 0.00 0.00 1.00 0.00 G 36 1.00
47 797 0 0 246 1043 0.76 0.00 0.00 0.24 A 25 0.76
48 1 0 1099 352 1452 0.00 0.00 0.76 0.24 G 28 0.76
49 0 0 1765 303 2068 0.00 0.00 0.85 0.15 G 36 0.85
50 0 5 1133 442 1580 0.00 0.00 0.72 0.28 G 28 0.72
51 0 1256 1 0 1257 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
52 0 1234 0 0 1234 0.00 1.00 0.00 0.00 T 36 1.00
53 1284 4 0 0 1288 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
54 1156 0 0 0 1156 1.00 0.00 0.00 0.00 A 19 1.00
55 191 1760 0 0 1951 0.10 0.90 0.00 0.00 T 17 0.90
56 191 4604 0 404 5199 0.04 0.89 0.00 0.08 T 30 0.89
57 4997 11 0 0 5008 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
58 0 0 0 474 474 0.00 0.00 0.00 1.00 C 21 1.00
59 309 0 0 521 830 0.37 0.00 0.00 0.63 C 10 0.63
60 99 0 2 0 101 0.98 0.00 0.02 0.00 A 11 0.98
61 0 0 0 514 514 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
62 0 0 0 707 707 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
63 0 0 0 736 736 0.00 0.00 0.00 1.00 C 52 1.00
64 0 0 0 754 754 0.00 0.00 0.00 1.00 C 54 1.00
65 0 0 0 694 694 0.00 0.00 0.00 1.00 C 54 1.00
66 1 0 0 624 625 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
67 232 0 4 0 236 0.98 0.00 0.02 0.00 A 58 0.98
68 0 606 0 0 606 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
69 437 0 0 0 437 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
70 0 0 0 584 584 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
71 0 0 0 656 656 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
72 232 0 0 134 366 0.63 0.00 0.00 0.37 A 36 0.63
73 1 0 8 312 321 0.00 0.00 0.02 0.97 C 41 0.97
74 1 693 0 0 694 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
75 449 88 0 0 537 0.84 0.16 0.00 0.00 A 34 0.84
76 399 34 0 0 433 0.92 0.08 0.00 0.00 A 34 0.92
77 0 645 0 0 645 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
78 1 1014 0 0 1015 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
79 458 215 0 0 673 0.68 0.32 0.00 0.00 A 32 0.68
80 385 0 0 0 385 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
81 0 0 0 356 356 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
82 1 644 0 0 645 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
83 422 52 0 0 474 0.89 0.11 0.00 0.00 A 58 0.89
84 393 0 0 0 393 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
85 369 0 0 0 369 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
86 482 0 0 0 482 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
87 384 0 0 0 384 1.00 0.00 0.00 0.00 A 46 1.00
88 0 759 0 0 759 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
89 0 1027 0 2 1029 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
90 0 88 0 519 607 0.00 0.14 0.00 0.86 C 27 0.86
91 159 0 0 77 236 0.67 0.00 0.00 0.33 A 36 0.67
92 0 0 0 501 501 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
93 0 9 0 590 599 0.00 0.02 0.00 0.98 C 58 0.98
94 2 704 0 20 726 0.00 0.97 0.00 0.03 T 58 0.97
95 461 0 0 2 463 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
96 6 0 0 516 522 0.01 0.00 0.00 0.99 C 58 0.99
97 0 0 0 507 507 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
98 300 0 0 0 300 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
99 187 0 2 2 191 0.98 0.00 0.01 0.01 A 58 0.98
100 0 0 0 499 499 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
101 0 0 0 601 601 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
102 276 0 0 174 450 0.61 0.00 0.00 0.39 A 25 0.61
103 22 0 0 435 457 0.05 0.00 0.00 0.95 C 34 0.95
104 336 0 0 81 417 0.81 0.00 0.00 0.19 A 32 0.81
105 369 0 0 2 371 0.99 0.00 0.00 0.01 A 58 0.99
106 3 0 0 461 464 0.01 0.00 0.00 0.99 C 51 0.99
107 1 0 0 572 573 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
108 315 0 0 81 396 0.80 0.00 0.00 0.20 A 34 0.80
109 395 6 0 0 401 0.99 0.01 0.00 0.00 A 51 0.99
110 5 594 0 0 599 0.01 0.99 0.00 0.00 T 46 0.99
111 0 38 0 585 623 0.00 0.06 0.00 0.94 C 36 0.94
112 301 0 0 115 416 0.72 0.00 0.00 0.28 A 34 0.72
113 226 2 0 0 228 0.99 0.01 0.00 0.00 A 58 0.99
114 30 0 0 331 361 0.08 0.00 0.00 0.92 C 58 0.92
115 211 0 0 1 212 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
116 392 0 0 2 394 0.99 0.00 0.00 0.01 A 58 0.99
117 31 0 0 418 449 0.07 0.00 0.00 0.93 C 41 0.93
118 271 0 0 142 413 0.66 0.00 0.00 0.34 A 25 0.66
119 14 0 2 291 307 0.05 0.00 0.01 0.95 C 41 0.95
120 304 0 0 48 352 0.86 0.00 0.00 0.14 A 34 0.86
121 182 0 13 0 195 0.93 0.00 0.07 0.00 A 58 0.93
122 420 0 0 0 420 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
123 0 0 0 562 562 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
124 0 0 0 734 734 0.00 0.00 0.00 1.00 C 61 1.00
125 0 0 0 846 846 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
126 0 135 0 730 865 0.00 0.16 0.00 0.84 C 34 0.84
127 0 860 0 71 931 0.00 0.92 0.00 0.08 T 34 0.92
128 0 208 0 809 1017 0.00 0.20 0.00 0.80 C 34 0.80
129 0 0 0 805 805 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
130 0 0 0 745 745 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
131 1 0 0 649 650 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
132 316 0 0 90 406 0.78 0.00 0.00 0.22 A 32 0.78
133 422 0 0 0 422 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
134 528 0 0 0 528 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
135 253 0 0 0 253 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
136 0 0 0 353 353 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
137 348 0 0 1 349 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
138 223 0 0 0 223 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
139 546 0 0 0 546 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
140 449 0 0 0 449 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
141 9 121 0 405 535 0.02 0.23 0.00 0.76 C 32 0.76
142 2 717 0 2 721 0.00 0.99 0.00 0.00 T 51 0.99
143 517 175 0 0 692 0.75 0.25 0.00 0.00 A 32 0.75
144 495 0 16 2 513 0.96 0.00 0.03 0.00 A 51 0.96
145 63 0 17 367 447 0.14 0.00 0.04 0.82 C 58 0.82
146 392 0 25 2 419 0.94 0.00 0.06 0.00 A 58 0.94
147 369 0 32 3 404 0.91 0.00 0.08 0.01 A 58 0.91
148 1 0 0 575 576 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
149 0 0 0 762 762 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
150 0 0 0 686 686 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
151 276 0 0 213 489 0.56 0.00 0.00 0.44 A 25 0.56
152 0 0 0 401 401 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
153 0 0 0 759 759 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
154 0 0 0 743 743 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
155 301 0 0 215 516 0.58 0.00 0.00 0.42 A 25 0.58
156 1 0 0 602 603 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
157 0 0 0 742 742 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
158 1 0 0 368 369 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
159 306 0 0 102 408 0.75 0.00 0.00 0.25 A 31 0.75
160 323 0 1 8 332 0.97 0.00 0.00 0.02 A 58 0.97
161 1 0 0 526 527 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
162 0 32 0 720 752 0.00 0.04 0.00 0.96 C 58 0.96
163 0 733 0 68 801 0.00 0.92 0.00 0.08 T 51 0.92
164 0 65 0 685 750 0.00 0.09 0.00 0.91 C 46 0.91
165 271 0 0 186 457 0.59 0.00 0.00 0.41 A 25 0.59
166 21 0 0 422 443 0.05 0.00 0.00 0.95 C 29 0.95
167 285 132 0 0 417 0.68 0.32 0.00 0.00 A 31 0.68
168 18 684 0 0 702 0.03 0.97 0.00 0.00 T 46 0.97
169 479 125 0 0 604 0.79 0.21 0.00 0.00 A 34 0.79
170 442 0 0 0 442 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
171 359 0 0 3 362 0.99 0.00 0.00 0.01 A 34 0.99
172 22 0 0 518 540 0.04 0.00 0.00 0.96 C 41 0.96
173 386 0 0 263 649 0.59 0.00 0.00 0.41 A 25 0.59
174 19 0 0 527 546 0.03 0.00 0.00 0.97 C 41 0.97
175 270 0 0 28 298 0.91 0.00 0.00 0.09 A 58 0.91
176 345 83 0 0 428 0.81 0.19 0.00 0.00 A 34 0.81
177 32 499 0 0 531 0.06 0.94 0.00 0.00 T 34 0.94
178 564 12 0 0 576 0.98 0.02 0.00 0.00 A 58 0.98
179 363 0 0 95 458 0.79 0.00 0.00 0.21 A 34 0.79
180 0 0 0 653 653 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
181 0 0 0 798 798 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
182 0 3 0 730 733 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
183 0 773 0 94 867 0.00 0.89 0.00 0.11 T 58 0.89
184 0 83 0 700 783 0.00 0.11 0.00 0.89 C 51 0.89
185 0 608 0 26 634 0.00 0.96 0.00 0.04 T 51 0.96
186 478 12 0 0 490 0.98 0.02 0.00 0.00 A 58 0.98
187 415 0 0 2 417 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
188 0 0 0 524 524 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
189 0 0 0 629 629 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
190 0 559 0 27 586 0.00 0.95 0.00 0.05 T 58 0.95
191 488 14 0 0 502 0.97 0.03 0.00 0.00 A 58 0.97
192 394 0 0 0 394 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
193 395 0 0 0 395 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
194 413 87 0 0 500 0.83 0.17 0.00 0.00 A 34 0.83
195 0 822 0 0 822 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
196 2 1024 0 0 1026 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
197 462 216 0 2 680 0.68 0.32 0.00 0.00 A 34 0.68
198 10 0 0 477 487 0.02 0.00 0.00 0.98 C 34 0.98
199 5 535 0 19 559 0.01 0.96 0.00 0.03 T 58 0.96
200 498 13 0 0 511 0.97 0.03 0.00 0.00 A 58 0.97
201 436 0 0 0 436 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
202 307 0 0 88 395 0.78 0.00 0.00 0.22 A 34 0.78
203 1 0 0 502 503 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
204 0 0 0 724 724 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
205 0 142 0 646 788 0.00 0.18 0.00 0.82 C 34 0.82
206 0 887 0 15 902 0.00 0.98 0.00 0.02 T 58 0.98
207 0 1207 0 0 1207 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
208 5 960 0 0 965 0.01 0.99 0.00 0.00 T 46 0.99
209 440 213 0 0 653 0.67 0.33 0.00 0.00 A 31 0.67
210 8 299 537 0 844 0.01 0.35 0.64 0.00 G 24 0.64
211 0 510 238 0 748 0.00 0.68 0.32 0.00 T 28 0.68
212 0 46 435 0 481 0.00 0.10 0.90 0.00 G 25 0.90
213 352 0 314 0 666 0.53 0.00 0.47 0.00 A 10 0.53
214 1 0 639 0 640 0.00 0.00 1.00 0.00 G 25 1.00
215 0 0 803 0 803 0.00 0.00 1.00 0.00 G 33 1.00
216 0 124 597 0 721 0.00 0.17 0.83 0.00 G 24 0.83
217 0 598 0 0 598 0.00 1.00 0.00 0.00 T 35 1.00
218 130 650 0 0 780 0.17 0.83 0.00 0.00 T 25 0.83
219 490 0 0 0 490 1.00 0.00 0.00 0.00 A 25 1.00
220 452 0 0 0 452 1.00 0.00 0.00 0.00 A 30 1.00
221 0 981 0 0 981 0.00 1.00 0.00 0.00 T 29 1.00
222 288 2053 0 0 2341 0.12 0.88 0.00 0.00 T 28 0.88
223 2039 329 0 54 2422 0.84 0.14 0.00 0.02 A 16 0.84
224 602 0 0 0 602 1.00 0.00 0.00 0.00 A 16 1.00
225 0 23 0 0 23 0.00 1.00 0.00 0.00 T 5 1.00

Quality report

Trimming thresholds :

  • Trimming Method : M1
  • Minimum base error probability : 0.001 %
  • Minimum Phred quality score : 30
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 225 bp
Mean of raw sequence Phred quality scores : 42.3
Quality report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 202 bp
Trimmed sequence start position : 7
Trimmed sequence end position : 209
Mean of trimmed sequence Phred quality scores : 44.84

Mixed base peak report

Trimming thresholds :

  • Minimum primary peak ratio for a position to be considered non-mixed : 0.75
  • Minimum of non-mixed positions percentage in the trimmed sequence to be considered non-mixed : 75 %
  • Minimum number of consecutive non-mixed positions at extremities to get a non-mixed positions percentage above threshold for the trimmed sequence (computed) : 3 bp
Raw sequence information Values
Raw sequence length : 225 bp
Mean of raw sequence primary peak ratios : 0.93
Percentage of non-mixed positions on raw sequence : 90.22 %
Mixed peak report - Trimmed sequence information Values
Trimmed sequence length : 220 bp
Trimmed sequence start position : 6
Trimmed sequence end position : 225
Mean of trimmed sequence primary peak ratios : 0.93
Percentage of non-mixed positions on trimmed sequence : 91.36 %

Trimming plot

Final trimmed sequence

Sequence
Final trimmed sequence information Values
Length : 203 bp
Start position : 7
End position : 209
Mean of Phred quality scores : 44.82
Mean of primary peak ratio : 0.94
Percentage of non-mixed positions : 92.12 %

Sequence of primary peaks:

## ATTCCATACCCTCTAACCTAACTTACTAAACCCTTTAGTGAGGGTTAATTACCACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAACCCTTTA
Chromatogram

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Table
Position A peak T peak G peak C peak Total A ratio T ratio G ratio C ratio Primary base Quality score Primary ratio
7 1645 0 0 0 1645 1.00 0.00 0.00 0.00 A 40 1.00
8 0 1830 0 0 1830 0.00 1.00 0.00 0.00 T 47 1.00
9 0 2646 0 0 2646 0.00 1.00 0.00 0.00 T 37 1.00
10 2 0 0 1543 1545 0.00 0.00 0.00 1.00 C 37 1.00
11 0 0 0 1309 1309 0.00 0.00 0.00 1.00 C 42 1.00
12 1139 0 0 0 1139 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
13 0 943 0 137 1080 0.00 0.87 0.00 0.13 T 24 0.87
14 1234 0 0 0 1234 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
15 0 0 0 1252 1252 0.00 0.00 0.00 1.00 C 20 1.00
16 0 0 0 1457 1457 0.00 0.00 0.00 1.00 C 48 1.00
17 0 2 0 1231 1233 0.00 0.00 0.00 1.00 C 48 1.00
18 0 1898 0 0 1898 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
19 0 0 0 1203 1203 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
20 0 1083 0 0 1083 0.00 1.00 0.00 0.00 T 55 1.00
21 1292 0 0 0 1292 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
22 1076 0 0 0 1076 1.00 0.00 0.00 0.00 A 26 1.00
23 0 0 0 787 787 0.00 0.00 0.00 1.00 C 46 1.00
24 0 1 0 1050 1051 0.00 0.00 0.00 1.00 C 57 1.00
25 0 1118 0 1 1119 0.00 1.00 0.00 0.00 T 50 1.00
26 1301 0 0 0 1301 1.00 0.00 0.00 0.00 A 23 1.00
27 695 0 0 0 695 1.00 0.00 0.00 0.00 A 23 1.00
28 0 0 0 179 179 0.00 0.00 0.00 1.00 C 13 1.00
29 0 1656 0 1 1657 0.00 1.00 0.00 0.00 T 25 1.00
30 0 2480 0 0 2480 0.00 1.00 0.00 0.00 T 50 1.00
31 1317 2 0 1 1320 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
32 0 0 0 1038 1038 0.00 0.00 0.00 1.00 C 50 1.00
33 2 1195 0 72 1269 0.00 0.94 0.00 0.06 T 41 0.94
34 1002 609 0 0 1611 0.62 0.38 0.00 0.00 A 14 0.62
35 967 0 0 0 967 1.00 0.00 0.00 0.00 A 26 1.00
36 509 0 0 0 509 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
37 0 0 0 1061 1061 0.00 0.00 0.00 1.00 C 26 1.00
38 71 0 0 777 848 0.08 0.00 0.00 0.92 C 48 0.92
39 0 1 0 1521 1522 0.00 0.00 0.00 1.00 C 47 1.00
40 0 1695 0 121 1816 0.00 0.93 0.00 0.07 T 44 0.93
41 11 2209 0 0 2220 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
42 85 1566 0 0 1651 0.05 0.95 0.00 0.00 T 28 0.95
43 1103 0 0 0 1103 1.00 0.00 0.00 0.00 A 31 1.00
44 0 222 1015 0 1237 0.00 0.18 0.82 0.00 G 31 0.82
45 83 1011 0 0 1094 0.08 0.92 0.00 0.00 T 47 0.92
46 0 3 1003 0 1006 0.00 0.00 1.00 0.00 G 36 1.00
47 797 0 0 246 1043 0.76 0.00 0.00 0.24 A 25 0.76
48 1 0 1099 352 1452 0.00 0.00 0.76 0.24 G 28 0.76
49 0 0 1765 303 2068 0.00 0.00 0.85 0.15 G 36 0.85
50 0 5 1133 442 1580 0.00 0.00 0.72 0.28 G 28 0.72
51 0 1256 1 0 1257 0.00 1.00 0.00 0.00 T 46 1.00
52 0 1234 0 0 1234 0.00 1.00 0.00 0.00 T 36 1.00
53 1284 4 0 0 1288 1.00 0.00 0.00 0.00 A 28 1.00
54 1156 0 0 0 1156 1.00 0.00 0.00 0.00 A 19 1.00
55 191 1760 0 0 1951 0.10 0.90 0.00 0.00 T 17 0.90
56 191 4604 0 404 5199 0.04 0.89 0.00 0.08 T 30 0.89
57 4997 11 0 0 5008 1.00 0.00 0.00 0.00 A 20 1.00
58 0 0 0 474 474 0.00 0.00 0.00 1.00 C 21 1.00
59 309 0 0 521 830 0.37 0.00 0.00 0.63 C 10 0.63
60 99 0 2 0 101 0.98 0.00 0.02 0.00 A 11 0.98
61 0 0 0 514 514 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
62 0 0 0 707 707 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
63 0 0 0 736 736 0.00 0.00 0.00 1.00 C 52 1.00
64 0 0 0 754 754 0.00 0.00 0.00 1.00 C 54 1.00
65 0 0 0 694 694 0.00 0.00 0.00 1.00 C 54 1.00
66 1 0 0 624 625 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
67 232 0 4 0 236 0.98 0.00 0.02 0.00 A 58 0.98
68 0 606 0 0 606 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
69 437 0 0 0 437 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
70 0 0 0 584 584 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
71 0 0 0 656 656 0.00 0.00 0.00 1.00 C 41 1.00
72 232 0 0 134 366 0.63 0.00 0.00 0.37 A 36 0.63
73 1 0 8 312 321 0.00 0.00 0.02 0.97 C 41 0.97
74 1 693 0 0 694 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
75 449 88 0 0 537 0.84 0.16 0.00 0.00 A 34 0.84
76 399 34 0 0 433 0.92 0.08 0.00 0.00 A 34 0.92
77 0 645 0 0 645 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
78 1 1014 0 0 1015 0.00 1.00 0.00 0.00 T 51 1.00
79 458 215 0 0 673 0.68 0.32 0.00 0.00 A 32 0.68
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81 0 0 0 356 356 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
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92 0 0 0 501 501 0.00 0.00 0.00 1.00 C 51 1.00
93 0 9 0 590 599 0.00 0.02 0.00 0.98 C 58 0.98
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95 461 0 0 2 463 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
96 6 0 0 516 522 0.01 0.00 0.00 0.99 C 58 0.99
97 0 0 0 507 507 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
98 300 0 0 0 300 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
99 187 0 2 2 191 0.98 0.00 0.01 0.01 A 58 0.98
100 0 0 0 499 499 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
101 0 0 0 601 601 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
102 276 0 0 174 450 0.61 0.00 0.00 0.39 A 25 0.61
103 22 0 0 435 457 0.05 0.00 0.00 0.95 C 34 0.95
104 336 0 0 81 417 0.81 0.00 0.00 0.19 A 32 0.81
105 369 0 0 2 371 0.99 0.00 0.00 0.01 A 58 0.99
106 3 0 0 461 464 0.01 0.00 0.00 0.99 C 51 0.99
107 1 0 0 572 573 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
108 315 0 0 81 396 0.80 0.00 0.00 0.20 A 34 0.80
109 395 6 0 0 401 0.99 0.01 0.00 0.00 A 51 0.99
110 5 594 0 0 599 0.01 0.99 0.00 0.00 T 46 0.99
111 0 38 0 585 623 0.00 0.06 0.00 0.94 C 36 0.94
112 301 0 0 115 416 0.72 0.00 0.00 0.28 A 34 0.72
113 226 2 0 0 228 0.99 0.01 0.00 0.00 A 58 0.99
114 30 0 0 331 361 0.08 0.00 0.00 0.92 C 58 0.92
115 211 0 0 1 212 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
116 392 0 0 2 394 0.99 0.00 0.00 0.01 A 58 0.99
117 31 0 0 418 449 0.07 0.00 0.00 0.93 C 41 0.93
118 271 0 0 142 413 0.66 0.00 0.00 0.34 A 25 0.66
119 14 0 2 291 307 0.05 0.00 0.01 0.95 C 41 0.95
120 304 0 0 48 352 0.86 0.00 0.00 0.14 A 34 0.86
121 182 0 13 0 195 0.93 0.00 0.07 0.00 A 58 0.93
122 420 0 0 0 420 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
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140 449 0 0 0 449 1.00 0.00 0.00 0.00 A 51 1.00
141 9 121 0 405 535 0.02 0.23 0.00 0.76 C 32 0.76
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147 369 0 32 3 404 0.91 0.00 0.08 0.01 A 58 0.91
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161 1 0 0 526 527 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
162 0 32 0 720 752 0.00 0.04 0.00 0.96 C 58 0.96
163 0 733 0 68 801 0.00 0.92 0.00 0.08 T 51 0.92
164 0 65 0 685 750 0.00 0.09 0.00 0.91 C 46 0.91
165 271 0 0 186 457 0.59 0.00 0.00 0.41 A 25 0.59
166 21 0 0 422 443 0.05 0.00 0.00 0.95 C 29 0.95
167 285 132 0 0 417 0.68 0.32 0.00 0.00 A 31 0.68
168 18 684 0 0 702 0.03 0.97 0.00 0.00 T 46 0.97
169 479 125 0 0 604 0.79 0.21 0.00 0.00 A 34 0.79
170 442 0 0 0 442 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
171 359 0 0 3 362 0.99 0.00 0.00 0.01 A 34 0.99
172 22 0 0 518 540 0.04 0.00 0.00 0.96 C 41 0.96
173 386 0 0 263 649 0.59 0.00 0.00 0.41 A 25 0.59
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176 345 83 0 0 428 0.81 0.19 0.00 0.00 A 34 0.81
177 32 499 0 0 531 0.06 0.94 0.00 0.00 T 34 0.94
178 564 12 0 0 576 0.98 0.02 0.00 0.00 A 58 0.98
179 363 0 0 95 458 0.79 0.00 0.00 0.21 A 34 0.79
180 0 0 0 653 653 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
181 0 0 0 798 798 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
182 0 3 0 730 733 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
183 0 773 0 94 867 0.00 0.89 0.00 0.11 T 58 0.89
184 0 83 0 700 783 0.00 0.11 0.00 0.89 C 51 0.89
185 0 608 0 26 634 0.00 0.96 0.00 0.04 T 51 0.96
186 478 12 0 0 490 0.98 0.02 0.00 0.00 A 58 0.98
187 415 0 0 2 417 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
188 0 0 0 524 524 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
189 0 0 0 629 629 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
190 0 559 0 27 586 0.00 0.95 0.00 0.05 T 58 0.95
191 488 14 0 0 502 0.97 0.03 0.00 0.00 A 58 0.97
192 394 0 0 0 394 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
193 395 0 0 0 395 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
194 413 87 0 0 500 0.83 0.17 0.00 0.00 A 34 0.83
195 0 822 0 0 822 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
196 2 1024 0 0 1026 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
197 462 216 0 2 680 0.68 0.32 0.00 0.00 A 34 0.68
198 10 0 0 477 487 0.02 0.00 0.00 0.98 C 34 0.98
199 5 535 0 19 559 0.01 0.96 0.00 0.03 T 58 0.96
200 498 13 0 0 511 0.97 0.03 0.00 0.00 A 58 0.97
201 436 0 0 0 436 1.00 0.00 0.00 0.00 A 58 1.00
202 307 0 0 88 395 0.78 0.00 0.00 0.22 A 34 0.78
203 1 0 0 502 503 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
204 0 0 0 724 724 0.00 0.00 0.00 1.00 C 58 1.00
205 0 142 0 646 788 0.00 0.18 0.00 0.82 C 34 0.82
206 0 887 0 15 902 0.00 0.98 0.00 0.02 T 58 0.98
207 0 1207 0 0 1207 0.00 1.00 0.00 0.00 T 58 1.00
208 5 960 0 0 965 0.01 0.99 0.00 0.00 T 46 0.99
209 440 213 0 0 653 0.67 0.33 0.00 0.00 A 31 0.67

Alignments

Sequencing result #1

Sequencing result #1 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Warning: Trimmed sequence from the sequencing result #1 was found with insufficient length or insufficient quality and will not be used.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #1 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

Direction determination

Warning: Insufficient quality of trimmed sequence for direction determination.

Sequencing result #2

Sequencing result #2 is aligned on both sense and antisense bisulfite converted DNA sequences to determine the sequencing direction as forward or reverse.

Alignment as forward

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Sat Jun  4 11:19:23 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 8
## # Identity:       8/8 (100.0%)
## # Similarity:    NA/8 (NA%)
## # Gaps:           0/8 (0.0%)
## # Score: 15.85405
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                40 GAGGGTTA     47
##                      ||||||||
## S1                87 GAGGGTTA     94
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Alignment as reverse

Trimmed sequence of primary peaks from sequencing result #2 is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Sat Jun  4 11:19:23 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 146
## # Identity:     133/146 (91.1%)
## # Similarity:    NA/146 (NA%)
## # Gaps:           0/146 (0.0%)
## # Score: 186.8826
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                51 ACCACCCCCCATACCACTAA     70
##                      ||| |||||| |||| ||||
## S1               128 ACCGCCCCCCGTACCGCTAA    147
## 
## P1                71 TTAACTAAAAATTCACCTAC     90
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               148 TTAACTAAAAATTCACCTAC    167
## 
## P1                91 CAACCACAACCAATCAACAA    110
##                      | ||||||||||||||||||
## S1               168 CGACCACAACCAATCAACAA    187
## 
## P1               111 CACAAACCCCTCCCCAAAAC    130
##                      | | ||||||||||||||||
## S1               188 CGCGAACCCCTCCCCAAAAC    207
## 
## P1               131 AAAACTAACAACCCACCCAC    150
##                       |||||||| |||| |||||
## S1               208 GAAACTAACGACCCGCCCAC    227
## 
## P1               151 CCAACCTCACATAAACACAA    170
##                      || ||||| ||||||| | |
## S1               228 CCGACCTCGCATAAACGCGA    247
## 
## P1               171 TAACCCTCTAACCTAAAATT    190
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               248 TAACCCTCTAACCTAAAATT    267
## 
## P1               191 ACTAAA    196
##                      ||||||
## S1               268 ACTAAA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Direction determination

Sequencing result #2 corresponds to reverse direction

Forward

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from forward sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA sense sequence.

Alignment

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Aligned sequences

Warning: Insufficient length or quality of trimmed forward sequencing.

Reverse

To find nucleotides of reference DNA sequence positions on sequencing result, the trimmed sequence of primary peaks from reverse sequencing results is aligned with bisulfite converted reference DNA antisense sequence.

Alignment

## ########################################
## # Program: Biostrings (version 2.64.0), a Bioconductor package
## # Rundate: Sat Jun  4 11:19:24 2022
## ########################################
## #=======================================
## #
## # Aligned_sequences: 2
## # 1: P1
## # 2: S1
## # Matrix: NA
## # Gap_penalty: 14.0
## # Extend_penalty: 4.0
## #
## # Length: 146
## # Identity:     133/146 (91.1%)
## # Similarity:    NA/146 (NA%)
## # Gaps:           0/146 (0.0%)
## # Score: 186.8826
## #
## #
## #=======================================
## 
## P1                51 ACCACCCCCCATACCACTAA     70
##                      ||| |||||| |||| ||||
## S1               128 ACCGCCCCCCGTACCGCTAA    147
## 
## P1                71 TTAACTAAAAATTCACCTAC     90
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               148 TTAACTAAAAATTCACCTAC    167
## 
## P1                91 CAACCACAACCAATCAACAA    110
##                      | ||||||||||||||||||
## S1               168 CGACCACAACCAATCAACAA    187
## 
## P1               111 CACAAACCCCTCCCCAAAAC    130
##                      | | ||||||||||||||||
## S1               188 CGCGAACCCCTCCCCAAAAC    207
## 
## P1               131 AAAACTAACAACCCACCCAC    150
##                       |||||||| |||| |||||
## S1               208 GAAACTAACGACCCGCCCAC    227
## 
## P1               151 CCAACCTCACATAAACACAA    170
##                      || ||||| ||||||| | |
## S1               228 CCGACCTCGCATAAACGCGA    247
## 
## P1               171 TAACCCTCTAACCTAAAATT    190
##                      ||||||||||||||||||||
## S1               248 TAACCCTCTAACCTAAAATT    267
## 
## P1               191 ACTAAA    196
##                      ||||||
## S1               268 ACTAAA    273
## 
## 
## #---------------------------------------
## #---------------------------------------

Aligned sequences

Aligned sequence from reverse sequencing result (Pattern P1):

Length: 146 bp

## ACCACCCCCCATACCACTAATTAACTAAAAATTCACCTACCAACCACAACCAATCAACAACACAAACCCCTCCCCAAAACAAAACTAACAACCCACCCACCCAACCTCACATAAACACAATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Aligned sequence from bisulfite converted reference DNA antisense sequence (Subject S1):

Length: 146 bp

## ACCGCCCCCCGTACCGCTAATTAACTAAAAATTCACCTACCGACCACAACCAATCAACAACGCGAACCCCTCCCCAAAACGAAACTAACGACCCGCCCACCCGACCTCGCATAAACGCGATAACCCTCTAACCTAAAATTACTAAA

Quality control

Summary

Thresholds Values
Minimum length of the aligned sequence : 30 bp
Minimum identity percentage of alignment : 75 %
Minimum of bisulfite conversion rate mean : 0.9
Direction Sequencing Length Identity Mismatch Indel in DNA reference Indel in sequencing Mean of conversion rates SD of conversion rates Quality Result
Reverse #2 146 91.1 13 0 0 1 0.02 Correct

Forward sequencing result could have not been trimmed due to poor quality.

Mismatch positions

Forward

Reverse

Positions in trimmed sequencing result Nucleotides in trimmed sequencing result Positions in reference DNA sequence Nucleotides in reference DNA sequence
54 A 131 G
61 A 138 G
66 A 143 G
92 A 169 G
112 A 189 G
114 A 191 G
131 A 208 G
140 A 217 G
145 A 222 G
153 A 230 G
159 A 236 G
167 A 244 G
169 A 246 G

Insertions/deletions

Forward

Reverse

No insertions/deletions in reverse alignment.

Conversion rates

Combined

C number Bisulfite conversion rate Reverse
50 1.00
49 1.00
48 1.00
47 1.00
46 1.00
45 1.00
44 1.00
43 1.00
42 0.99
41 1.00
40 1.00
39 1.00
38 0.93
37 1.00
36 1.00
35 1.00
34 1.00
33 1.00
32 1.00
31 0.92
30 1.00
29 1.00
28 1.00
27 1.00
26 1.00
25 1.00
24 1.00
23 1.00
22 1.00
21 1.00
20 1.00
19 1.00

Forward

Reverse

C number Position in reference DNA Position in sequencing result (trimmed) Position in sequencing result (raw) A peak T peak G peak C peak Bisulfite conversion rate
50 146 69 75 449 88 0 0 1.00
49 150 73 79 458 215 0 0 1.00
48 151 74 80 385 0 0 0 1.00
47 154 77 83 422 52 0 0 1.00
46 156 79 85 369 0 0 0 1.00
45 157 80 86 482 0 0 0 1.00
44 158 81 87 384 0 0 0 1.00
43 166 89 95 461 0 0 2 1.00
42 170 93 99 187 0 2 2 0.99
41 176 99 105 369 0 0 2 1.00
40 184 107 113 226 2 0 0 1.00
39 187 110 116 392 0 0 2 1.00
38 192 115 121 182 0 13 0 0.93
37 204 127 133 422 0 0 0 1.00
36 205 128 134 528 0 0 0 1.00
35 206 129 135 253 0 0 0 1.00
34 209 132 138 223 0 0 0 1.00
33 211 134 140 449 0 0 0 1.00
32 214 137 143 517 175 0 0 1.00
31 218 141 147 369 0 32 3 0.92
30 231 154 160 323 0 1 8 1.00
29 241 164 170 442 0 0 0 1.00
28 247 170 176 345 83 0 0 1.00
27 249 172 178 564 12 0 0 1.00
26 258 181 187 415 0 0 2 1.00
25 262 185 191 488 14 0 0 1.00
24 263 186 192 394 0 0 0 1.00
23 265 188 194 413 87 0 0 1.00
22 268 191 197 462 216 0 2 1.00
21 272 195 201 436 0 0 0 1.00
20 273 196 202 307 0 0 88 1.00
19 274 197 203 1 0 0 502 1.00

Maximum aligned sequence

The maximum aligned sequence corresponds to the maximum sequence covered by at least one correct sequencing.

Length of max aligned sequence : 147 bp
Coordinates of max aligned sequence : chr16:68771007-68771153

Maximum aligned sequence (on bisulfite converted sense sequence from the plus strand sequence) :

## TTTTAGTAATTTTAGGTTAGAGGGTTATCGCGTTTATGCGAGGTCGGGTGGGCGGGTCGTTAGTTTCGTTTTGGGGAGGGGTTCGCGTTGTTGATTGGTTGTGGTCGGTAGGTGAATTTTTAGTTAATTAGCGGTACGGGGGGCGGT

Methylation

Combined

CG number Chromosome Start End Methylation Percentage Forward Methylation Percentage Reverse Methylation Percentage Average Methylation Percentage SD
17 chr16 68771150 68771151 NA 1.98 1.98 NA
16 chr16 68771143 68771144 NA 1.69 1.69 NA
15 chr16 68771138 68771139 NA 0.00 0.00 NA
14 chr16 68771112 68771113 NA 0.00 0.00 NA
13 chr16 68771092 68771093 NA 0.00 0.00 NA
12 chr16 68771090 68771091 NA 0.00 0.00 NA
11 chr16 68771073 68771074 NA 0.00 0.00 NA
10 chr16 68771064 68771065 NA 6.00 6.00 NA
9 chr16 68771059 68771060 NA 0.00 0.00 NA
8 chr16 68771051 68771052 NA 0.00 0.00 NA
7 chr16 68771045 68771046 NA 0.00 0.00 NA
6 chr16 68771037 68771038 NA 0.00 0.00 NA
5 chr16 68771035 68771036 NA 0.00 0.00 NA

Forward

Warning: No sequencing data from foward direction sequencing.

Reverse

CG number Chromosome Start End G position in reference DNA G position in sequencing result (trimmed) G position in sequencing result (raw) A peak T peak G peak C peak Methylation Percentage
17 chr16 68771150 68771151 131 54 60 99 0 2 0 1.98
16 chr16 68771143 68771144 138 61 67 232 0 4 0 1.69
15 chr16 68771138 68771139 143 66 72 232 0 0 134 0.00
14 chr16 68771112 68771113 169 92 98 300 0 0 0 0.00
13 chr16 68771092 68771093 189 112 118 271 0 0 142 0.00
12 chr16 68771090 68771091 191 114 120 304 0 0 48 0.00
11 chr16 68771073 68771074 208 131 137 348 0 0 1 0.00
10 chr16 68771064 68771065 217 140 146 392 0 25 2 6.00
9 chr16 68771059 68771060 222 145 151 276 0 0 213 0.00
8 chr16 68771051 68771052 230 153 159 306 0 0 102 0.00
7 chr16 68771045 68771046 236 159 165 271 0 0 186 0.00
6 chr16 68771037 68771038 244 167 173 386 0 0 263 0.00
5 chr16 68771035 68771036 246 169 175 270 0 0 28 0.00

Individual methylation plot

Output data

Directories

Methylation data file preview

CG_nb chromosome start end meth_F meth_R meth_avg meth_sd collection group rep clone alg_coord_start alg_coord_end
17 chr16 68771150 68771151 NA 1.98 1.98 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
16 chr16 68771143 68771144 NA 1.69 1.69 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
15 chr16 68771138 68771139 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
14 chr16 68771112 68771113 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
13 chr16 68771092 68771093 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
12 chr16 68771090 68771091 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
11 chr16 68771073 68771074 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
10 chr16 68771064 68771065 NA 6.00 6.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
9 chr16 68771059 68771060 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
8 chr16 68771051 68771052 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
7 chr16 68771045 68771046 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
6 chr16 68771037 68771038 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153
5 chr16 68771035 68771036 NA 0.00 0.00 NA Low methylated DNA 1 NA 68771007 68771153